Tendances des éclosions de COVID-19 au Canada, 2021

Résumé

Contexte : En janvier 2021, l'Agence de la santé publique du Canada a lancé un système de surveillance des éclosions, le Système canadien de surveillance des éclosions de COVID-19 (SCSEC), dans le but de surveiller l'incidence et la gravité des éclosions de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans divers milieux communautaires et de complémenter la surveillance des cas.

Méthodes : Sept provinces ont été incluses dans le présent rapport; en 2021, ces provinces ont transmis au SCSEC des listes hebdomadaires cumulatives des éclosions de COVID-19. Les données comprennent des variables administratives (e.g. date de début de l'éclosion, date de fermeture de l'éclosion, identificateur de l'éclosion), 24 types de milieux d'éclosion et le nombre de cas et de conséquences graves confirmés (hospitalisations, décès). Des analyses descriptives pour les éclosions de COVID-19 au Canada du 3 janvier 2021 au 1er janvier 2022 ont été effectuées afin d'examiner les tendances dans le temps, la gravité et la taille de l'éclosion.

Résultats : L'incidence des éclosions a suivi des tendances semblables à l'incidence des cas. Les éclosions étaient plus fréquentes dans les écoles et les garderies (39 %) et dans les établissements industriels et agricoles (21 %). La taille des éclosions variait de 2 à 639 cas par éclosion; la taille médiane était de quatre cas par éclosion. Les établissements correctionnels affichaient la plus grande taille médiane d'éclosion, avec 18 cas par éclosion, suivie des établissements de soins de longue durée avec 10 cas par éclosion. Pendant les périodes d'incidence élevée, les éclosions peuvent être sous-estimées en raison d'une capacité de santé publique limitée, ou la déclaration peut être biaisée vers les milieux à risque élevé priorisés pour les tests de dépistage. Les éclosions signalées au SCSEC ont été dominées par les administrations comptant les plus grandes populations.

Conclusion : Les tendances montrent que les éclosions de COVID-19 en 2021 ont été signalées le plus souvent dans des milieux communautaires comme les écoles; cependant, les plus grandes éclosions se sont produites dans les milieux de vie collective. Les renseignements recueillis grâce à la surveillance des éclosions ont complémenté les tendances de l'incidence des cas et ont permis de mieux comprendre la situation de la COVID-19 au Canada.

Introduction

Le 25 janvier 2020, la première infection du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a été détectée au Canada ^{Note de bas de page 1}. L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a déclaré la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par l'infection par le SRAS-CoV-2, comme une pandémie le 11 mars 2020 ^{Note de bas de page 2} et la COVID-19 s'est propagée rapidement à travers le Canada avec de nombreux cas et décès associés à des éclosions ^{Note de bas de page 3 Note de bas de page 4}. Les éclosions peuvent entraîner de nombreuses infections sur une courte période, ce qui peut rapidement accroître la transmission communautaire par des expositions secondaires et exercer des pressions sur les services de santé ^{Note de bas de page 4}.

L'Agence de la santé publique du Canada (l'Agence) a déterminé que la surveillance des éclosions pourrait fournir des données supplémentaires sur l'épidémie de COVID-19 au Canada afin d'aider à orienter l'intervention en santé publique; par conséquent, l'Agence a créé le Système canadien de surveillance des éclosions de COVID-19 (SCSEC) suite à des consultations avec les partenaires provinciaux et territoriaux. En janvier 2021, le SCSEC a été lancé avec sept provinces fournissant des données : Colombie-Britannique, Alberta, Manitoba, Ontario, Québec, Nouvelle-Écosse et Île-du-Prince-Édouard. Ces provinces représentent 93 % de la population canadienne ^{Note de bas de page 5}. Les autres provinces et territoires canadiens ont indiqué leur appui à la surveillance nationale des éclosions, mais n'ont pas pu y participer à ce moment-là. Des efforts sont en cours pour intégrer les partenaires intéressés.

La surveillance des éclosions pour les agents pathogènes établis n'a pas été effectuée généralement à l'échelle nationale. Très peu de pays, comme l'Irlande et le Royaume-Uni, ont signalé des tendances concernant les éclosions de COVID-19 ^{Note de bas de page 6 Note de bas de page 7}. La mise en œuvre d'un système de surveillance basée sur les événements afin de saisir les tendances des éclosions de COVID-19 au Canada est novatrice et celui-ci est différent des systèmes de surveillance basée sur les événements qui existent déjà en ce qui a trait à la promptitude et au niveau de détail saisi.

Objectifs

La surveillance systématique des tendances des éclosions de COVID-19 permet de mieux comprendre les types de milieux et les populations les plus à risque d'éclosion et l'impact relatif des éclosions sur le fardeau de la COVID-19 au Canada. Cette initiative fédérale-provinciale-territoriale a permis de surveiller les tendances nationales des éclosions pendant la pandémie. Les connaissances acquises grâce au SCSEC permettent d'informer la santé publique au Canada sur la prévention et le contrôle de la transmission du SRAS-CoV-2 dans divers milieux. Le présent rapport fournit une analyse descriptive rétrospective des tendances des éclosions de COVID-19 au Canada observées sur une période d'un an, de janvier 2021 à janvier 2022.

Méthodes

Sources d'information

Les données ont été extraites de la base de données du SCSEC et enrichies par des données au niveau des cas provenant de la base de données nationale sur les cas de COVID-19, toutes deux maintenues dans une base de données Postgres et tenues à jour par l'Agence. Le SCSEC est un système de surveillance passive basée sur les événements mis en place en janvier 2021 qui vise à surveiller systématiquement l'incidence et la gravité des éclosions de COVID-19 par type de milieu. Sept provinces ont été incluses dans cette analyse (Colombie-Britannique, Alberta, Manitoba, Ontario, Québec, Nouvelle-Écosse et Île-du-Prince-Édouard); en 2021, ces provinces ont transféré des listes cumulatives des éclosions de COVID-19 électroniquement au SCSEC sur une base hebdomadaire. Le système de surveillance recueille des données agrégées sur les variables administratives (e.g. date de début de l'éclosion, date de fermeture de l'éclosion, identificateur de l'éclosion), 24 types de milieux d'éclosion et le nombre de cas et de conséquences graves confirmés (hospitalisations, décès). En 2021, les provinces ont transmis des dossiers d'éclosions dans divers milieux d'éclosion, y compris, mais sans s'y limiter, les milieux d'intérêt suivants : établissements de soins de longue durée (ESLD), établissements de soins de courte durée, écoles et garderies, établissements correctionnels, milieux de vie collective et milieux industriels (tableau 1) ^{Note de bas de page 8 Note de bas de page 9}.

Tableau 1 : Groupement condensé des types de milieux d'éclosion dans le Système canadien de surveillance des éclosions de COVID-19

Types de milieux condensés	Types de milieux du SCSEC
Établissement de soins de courte durée	Établissement de soins de courte durée
Milieu de vie collective	Milieu de vie collective (e.g. logement avec services de soutien, refuge, logement collectif), résidence de retraite
Établissement correctionnel	Établissement correctionnel
Industriel/agricole	Milieu industriel, installation de transformation agroalimentaire
Établissement de soins de longue durée	Établissement de soins de longue durée
École et garderie	École, garderie ou camp de jour
Autre	Soins de santé communautaire, services d'urgence, rassemblement de masse, bureau, soins personnels, établissement récréatif, restaurant/bar, commerce de détail, événement social, transport, voyage/tourisme, autre, milieu de travail non précisé, milieu inconnu
Tableau 1 abréviations Abréviation : SCSEC, Système canadien de surveillance des éclosions de COVID-19

La base de données nationale sur les cas de COVID-19 est un système de surveillance non nominal qui recueille des données sur la démographie des cas, le statut clinique, l'exposition, les facteurs de risque, la vaccination et les lignées de variants des cas de COVID-19 au Canada. Pour les provinces qui ont autorisé le couplage des données sur les éclosions et les cas, les données du SCSEC ont été liées avec les données sur les cas de COVID-19 à l'aide d'identificateurs uniques des éclosions. Ce lien a permis à l'Agence d'obtenir des renseignements supplémentaires sur le nombre de cas et de conséquences graves associés aux éclosions pour lesquelles ces informations manquaient et sur les lignées de variants.

Définitions

La définition nationale des éclosions de COVID-19 est la suivante : deux cas confirmés ou plus de COVID-19 ^{Note de bas de page 10}, épidémiologiquement liés à un environnement ou un milieu spécifique, à l'exclusion des ménages, étant donné que les cas de ménage ne peuvent être déclarés ou gérés comme une éclosion si le risque de transmission est contenu. Cette définition exclut également les cas qui sont regroupés géographiquement (e.g. dans une région, une ville ou un village), mais qui ne sont pas liés épidémiologiquement, ainsi que les cas attribués à la transmission communautaire ^{Note de bas de page 10}.

Pour contextualiser l'impact de chaque variant préoccupant, nous avons utilisé la période allant de l'introduction des variants préoccupants à la fin de la période dominante. En utilisant la base des données nationale sur les cas de COVID-19, la date d'épisode du premier cas détecté a été utilisée pour définir la date d'introduction. La date correspondant à la fin de la période dominante a été déterminée en fonction de la dernière date où la proportion de cas de variants préoccupants a représenté au moins 75 % des cas séquencés déclarés. Mars 2021 à mai 2021 correspondait à une période de dominance mixte de variants préoccupants (variant Alpha, variant Bêta, variant Gamma), car aucun variant préoccupant ne représentait plus de 75 % individuellement.

Afin de fournir le contexte du rôle des vaccins de COVID-19 sur l'incidence des éclosions, nous avons ajouté une chronologie de la distribution des vaccins incluant le début de la campagne de vaccination dans les groupes prioritaires (décembre 2020) et les dates auxquelles Santé Canada a autorisé les vaccins pour les personnes âgées de 12 à 17 ans (5 mai 2021) et de 5 à 11 ans (19 novembre 2021) et les premières doses de rappel (9 novembre 2021), sachant qu'il existe des variations dans les dates de distribution du vaccin dans différentes administrations ^{Note de bas de page 11 Note de bas de page 12 Note de bas de page 13 Note de bas de page 14}.

Qualité des données et données manquantes

La définition nationale d'une éclosion de COVID-19 a été appliquée aux données du SCSEC. Il n'y avait pas de dénominateurs pour les milieux d'éclosion (e.g. le nombre d'écoles ou la population à risque dans ces milieux); ainsi, il n'a pas été possible de calculer quels milieux étaient les plus à risque d'éclosion à partir de ces données, seulement quels types de milieux signalent le plus souvent des éclosions. Par conséquent, les proportions calculées d'éclosions par type de milieu sont relatives au nombre total d'éclosions. L'exhaustivité des variables rapportées dans la liste des éclosions variait selon l'administration. Dans une administration qui n'a pas déclaré séparément les éclosions en milieu industriel (i.e. regroupées dans le milieu « milieu de travail non précisé »), dans la mesure du possible, ces éclosions ont été classées dans la catégorie « industriel/agricole », d'après l'information tirée des noms des lieux. Le taux de létalité a été défini comme la proportion de cas confirmés de COVID-19 associés à une éclosion qui sont décédés à cause de COVID-19. Le taux de létalité était manquant pour environ 5 % des éclosions. Les éclosions dupliquées identifiées à l'aide d'identificateurs d'éclosion uniques ont été retirées.

Analyse des données

Les milieux d'éclosion du SCSEC ont été regroupés pour les analyses selon le tableau 1. Les milieux qui représentaient moins de 2 % des éclosions ou qui étaient signalés de façon non uniforme entre les provinces ont été regroupés dans la catégorie « autres ». Aux fins de cet analyse, les données ont été agrégées par semaine épidémiologique (du dimanche au samedi) au cours de laquelle l'éclosion a été déclarée; ainsi, le présent rapport porte sur les éclosions déclarées entre le 3 janvier 2021 et le 1^er janvier 2022. Les données ont été extraites le 29 avril 2022. Les données ont été nettoyées et analysées à l'aide de R Statistical Software version 4.0.4. Des statistiques descriptives sur les tendances des éclosions par milieu, au fil du temps et par caractéristiques des cas, comme la taille de l'éclosion et le nombre de conséquences graves, ont été calculées.

Résultats

Tendances d'éclosions par type de milieu

Entre le 3 janvier 2021 et le 1^er janvier 2022, 30 078 éclosions ont été signalées au SCSEC dans les sept provinces participantes (tableau 2). Les éclosions étaient les plus fréquentes dans les écoles et les garderies (39 %), suivies par les établissements industriels et agricoles (21 %), les milieux de vie collective (8 %), les ESLD (4 %), les établissements de soins de courte durée (4 %) et les établissements correctionnels (1 %). Vingt-quatre pour cent des éclosions se sont produites dans « d'autres » milieux. Au Canada, les écoles sont en session de janvier à juin et de septembre à la mi-décembre, et pendant ces périodes, les écoles et les garderies représentaient systématiquement la plus grande proportion hebdomadaire d'éclosions (figure 1). Cela a été particulièrement évident de septembre à décembre 2021, lorsque les enfants de moins de 12 ans n'étaient pas encore admissibles à la vaccination contre la COVID-19; la proportion d'éclosions chez les populations admissibles à la vaccination était plus basse au cours de l'automne 2021. Dans les écoles et les garderies, les écoles primaires représentaient la plus grande proportion d'éclosions, suivies des garderies, des écoles primaires et secondaires combinées et des écoles secondaires. Dans les milieux « autres », les éclosions survenues dans les milieux de travail non précisé représentaient la plus grande proportion d'éclosions (figure 2). Dans les milieux de vie collective, les résidences de retraite et les logements avec services de soutien/logements collectifs représentaient la plus grande proportion des éclosions.

Tableau 2 : Nombre et proportion d'éclosions, de cas de COVID-19, d'hospitalisations, de décès associés aux éclosions et statistiques sommaires de la taille des éclosions par milieu

Milieu	Éclosions n = 30 078		Cas de COVID-19 n = 241 335		Hospitalisations n = 10 252		Décès n = 3 988		Nombre médian de cas par éclosion
	n	%	n	%	n	%	n	%	n	Intervalle
École et garderie	11 699	39	73 311	30	294	3	7	< 1	4	2–236
Autre	7 069	24	39 912	17	1 031	10	157	4	3	2–364
Industriel/agricole	6 262	21	38 777	16	939	9	103	3	3	2–300
Milieux de vie collective	2 508	8	34 641	14	2 960	29	1 098	28	6	2–374
Établissement de soins de longue durée	1 267	4	34 703	14	885	9	1 554	39	10	2–342
Établissement de soins de courte durée	1 120	4	12 051	5	4 073	40	1 061	27	7	2–112
Établissement correctionnel	153	1	7 940	3	70	1	8	< 1	18	2–639

Figure 1 - Équivalent textuel

La figure 1 montre les tendances des variants du SRAS-CoV-2, l’incidence des cas de COVID-19, l’incidence des éclosions par milieu et proportion des éclosions du milieu de l’éclosion au fil du temps. Le graphique A montre la période de temps entre l’introduction des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 et la fin de leur dominance au Canada, ce qui peut être mis en contraste avec les augmentations et les diminutions de l’incidence des cas de COVID-19 et des éclosions. Les pics et les creux de l’incidence des cas de COVID-19 (graphique B) et des éclosions (graphique C) s’alignent au fil du temps avec de fortes augmentations notées de mars à avril 2021 et décembre 2021. L’augmentation observée en décembre 2021 correspond à l’introduction du variant Omicron. La proportion d’éclosions selon le type de milieu (graphique D) montre qu’une grande proportion des éclosions ont été détectées dans des écoles et dans des garderies, avec une diminution de la proportion observée en juillet et au début d’août.

Figure 2 - Équivalent textuel

La figure 2 illustre la répartition des milieux qui sont classés comme « Autre », les milieux de vie collective, les écoles et les garderies, afin de démontrer quels milieux détaillés avaient la plus grande proportion d’éclosions. Dans les milieux « Autre », les milieux de travail non précisés représentaient la plus grande proportion d’éclosions. Les résidences de retraite, suivies de près par les logements collectifs ou les logements avec services de soutien, représentaient la plus grande proportion d’éclosions dans les milieux de vie collective. Dans les écoles et les garderies, les écoles primaires représentaient la plus grande proportion d’éclosions.

Tendances d'éclosion temporelle

L'incidence des éclosions a suivi des tendances similaires à celles des cas signalés (figure 1). Les vagues qui signalent des taux croissants ou décroissants des éclosions déclarées ont été largement déterminées par l'introduction des variants préoccupants et la stabilisation subséquente de la transmission au Canada. L'augmentation des éclosions en mars 2021 a été fortement entraînée par le variant Alpha, bien qu'il y ait aussi eu des éclosions impliquant les variants Bêta et Gamma. Le variant Delta a entraîné la résurgence de l'incidence des éclosions en août 2021, qui a atteint son maximum en fin septembre 2021. L'introduction du variant Omicron en novembre 2021 a entraîné une augmentation importante de l'incidence des éclosions, mais celle-ci n'a pas été proportionnelle à l'ampleur de l'augmentation observée dans l'incidence des cas de COVID-19.

Tendances d'éclosion par caractéristiques de cas

Au total, 241 335 cas associés aux éclosions ont été signalés au SCSEC entre le 3 janvier 2021 et le 1^er janvier 2022 (tableau 2). La répartition des cas associés aux éclosions par milieu était semblable aux tendances de l'incidence des éclosions, la plupart des cas étant signalés dans les écoles et les garderies (30 %). La plupart des hospitalisations associées aux éclosions étaient liées à des établissements de soins de courte durée (40 %) ou à des éclosions dans des milieux de vie collective (29 %). Les proportions de décès liés aux éclosions les plus élevés étaient dans les ESLD (39 %), dans les milieux de vie collective (28 %) et dans les établissements de soins de courte durée (27 %). Le taux de létalité le plus élevé était dans les établissements de soins de courte durée, avec un taux moyen de létalité de 10,7 %, suivi par les ESLD (4,3 %) et les milieux de vie collective (2,9 %).

La taille des éclosions variait de 2 à 639 cas par éclosion, avec une médiane de quatre cas par éclosion (tableau 2). Les établissements correctionnels (18 cas par éclosion) affichaient la taille médiane d'éclosion la plus élevée, suivie par les ESLD (10 cas par éclosion), les établissements de soins de courte durée (sept cas par éclosion) et les milieux de vie collective (six cas par éclosion). La figure 3 montre que les plus grandes éclosions ont été signalées dans les établissements correctionnels, plus de 18 % des éclosions signalant plus de 100 cas, suivis des ESLD (6 %).

Figure 3 - Équivalent textuel

La figure 3 montre la proportion d'éclosions selon la taille de l'éclosion dans tous les milieux. Les établissements correctionnels comptent la plus grande proportion d'éclosions avec 100 cas et plus, la plupart des éclosions ayant plus de 5 à 9 cas. Les établissements de soins de longue durée ont la deuxième plus grande proportion d'éclosions avec 100 cas ou plus, tandis que le milieu « Autre » a la plus grande proportion d'éclosions avec 2 à 4 cas.

Types de milieux condensés	2 à 4 cas	5 à 9 cas	10 à 24 cas	25 à 49 cas	50 à 99 cas	100 cas et plus
Établissement correctionnel	27 %	11 %	20 %	12 %	12 %	18 %
Établissement de soins de longue durée	32 %	16 %	20 %	12 %	14 %	6 %
Établissement de soins de courte durée	34 %	30 %	26 %	8 %	1 %	< 1 %
Milieu de vie collective	38 %	25 %	22 %	9 %	4 %	1 %
École et garderie	60 %	24 %	13 %	2 %	1 %	< 1 %
Industriel/agricole	65 %	21 %	10 %	2 %	1 %	< 1 %
Autre	65 %	23 %	9 %	2 %	< 1 %	< 1 %

Au sein des ESLD, l'incidence des décès liés aux éclosions a fortement diminué en janvier 2021 peu après le lancement de la campagne de vaccination contre la COVID-19, pour laquelle les ESLD étaient l'un des milieux prioritaires (figure 4). Par la suite, l'incidence des décès associés aux éclosions est restée faible et relativement stable jusqu'à l'introduction du variant Omicron à la fin de 2021, ce qui a entraîné une augmentation rapide des cas et des décès (figure 1, figure 4).

Figure 4 - Équivalent textuel

La figure 4 illustre le nombre hebdomadaire de décès liés aux éclosions dans les établissements de soins de longue durée au fil du temps (du 3 janvier 2021 au 1^er janvier 2022). Des pics de décès associés aux éclosions dans des établissements de soins de longue durée sont observés durant les premières semaines en janvier 2021 et en décembre 2021. Le nombre de décès associés aux éclosions dans les établissements de soins de longue durée est le plus bas de la fin de mai à juillet 2021.

Discussion

En 2021, 30 078 éclosions ont été signalées au SCSEC, les plus grandes proportions des éclosions étaient dans les écoles et les garderies, les établissements industriels/agricoles et les milieux de vie collective. Les tendances temporelles pour l'incidence des éclosions et l'incidence des cas de COVID-19 sont généralement alignées; toutefois, une augmentation relative plus prononcée a été observée dans les cas comparés aux éclosions en décembre 2021, suite à l'introduction du variant Omicron. Les milieux qui ont connu la gravité la plus élevée étaient les établissements de soins de courte durée et les ESLD. Les éclosions les plus grandes ont été signalées dans les établissements correctionnels et les ESLD, qui sont tous deux des milieux de vie collective.

En 2021, la majorité des éclosions signalées au SCSEC étaient dans des milieux considérés comme étant des services et des fonctions essentiels ^{Note de bas de page 15 Note de bas de page 16}. Les écoles et les garderies (39 %) étaient les milieux les plus fréquemment signalées. Il y a environ 15 500 écoles au Canada ^{Note de bas de page 17}, représentant près de 5,7 millions d'élèves ^{Note de bas de page 18} et 766 200 enseignants ^{Note de bas de page 17}, soit une population considérable à risque. Au cours de la résurgence des cas de COVID-19 provoquée par le variant Delta de septembre à novembre 2021, lorsque les moins de 12 ans n'étaient pas encore admissibles aux vaccins contre la COVID-19, les écoles primaires ont connu la plus grande augmentation de l'incidence des éclosions par rapport aux autres milieux ^{Note de bas de page 19}. Malgré leur forte représentation, la taille des éclosions dans les écoles et les garderies est demeurée faible par rapport aux autres milieux, avec 60 % des éclosions ayant signalé moins de quatre cas. De plus, les conséquences graves dans ce milieu sont demeurées faibles en 2021, ce qui est conforme à ce qui a été rapporté dans la littérature ^{Note de bas de page 20 Note de bas de page 21}. Les études menées globalement ont fait état de résultats semblables, selon lesquels les cas associés aux éclosions étaient peu nombreux et le risque de transmission était faible lorsque des mesures de santé publique étaient en place (e.g. port du masque, vaccination, regroupement en cohorte, distanciation physique, dépistage) ^{Note de bas de page 22 Note de bas de page 23}.

Le deuxième milieu d'éclosion le plus souvent signalé était « autre », qui comprend plusieurs milieux regroupés aux fins d'analyse. Les « milieux de travail non précisés » ont été à l'origine de la majorité des éclosions dans « d'autres » milieux. Les milieux restants comprennent les restaurants, les bars, les commerces de détail et les établissements récréatifs. Les tendances des éclosions dans ces milieux suivent souvent les tendances de l'incidence des cas et peuvent contribuer à la transmission communautaire, étant donné le risque d'exposition à de multiples réseaux ^{Note de bas de page 24 Note de bas de page 25}. Cependant, les éclosions signalées dans ces milieux étaient moins nombreuses que prévu, peut-être en raison du confinement prolongé pour les milieux non essentiels au cours de 2021 ou de niveaux plus faibles de surveillance et de dépistage des symptômes comparativement aux milieux essentiels et à risque élevé ^{Note de bas de page 25 Note de bas de page 26}.

Bien que l'incidence des éclosions ait été la plus élevée dans les milieux communautaires (e.g. écoles, commerces de détail, restaurants), la taille des éclosions était la plus élevée dans les milieux de vie collective, probablement en raison du partage des espaces communs de ces milieux ^{Note de bas de page 9}. Une plus grande taille des éclosions peut refléter une transmissibilité accrue dans les populations à risque élevé, la configuration des milieux (e.g. chambres à coucher partagées, espaces communs), la dynamique des populations (e.g. rotation du personnel, population transitoire, visiteurs) et les stratégies de gestion des éclosions (e.g. regroupement des cas de COVID-19 en cohorte, incapacité des résidents de quitter les lieux) dans ces milieux. Les taux d'attaques dans les dortoirs et les refuges, qui sont tous deux des milieux de vie collective, variaient de 1,9 % à 41,7 % ^{Note de bas de page 27 Note de bas de page 28}. Les dénominateurs n'étaient pas disponibles pour les éclosions transmises au SCSEC; cependant, le nombre élevé de cas associés aux éclosions dans les milieux de vie collective, comme les résidences de retraite et les refuges, suggère que les taux d'attaques ont pu être élevés.

Les éclosions dans les milieux industriels et agricoles représentaient la troisième plus grande proportion d'éclosions (21 %). Au début de la pandémie, plusieurs énormes éclosions ont été signalées dans des milieux industriels et agricoles (e.g. installations de transformation de la viande, raffineries de pétrole, entrepôts), dont un grand nombre comprenaient des travailleurs étrangers temporaires, des populations immigrantes et des travailleurs en rotation ^{Note de bas de page 29 Note de bas de page 30 Note de bas de page 31 Note de bas de page 32 Note de bas de page 33 Note de bas de page 34}. Une mauvaise ventilation, des difficultés à maintenir la distanciation physique, le partage des transports et des logements, l'absence de congés de maladie payés et la rotation du travail peuvent mener à une transmission rapide du SRAS-CoV-2 dans certains milieux industriels et agricoles, qui se chevauchent souvent avec des populations d'employés marginalisés plus larges ^{Note de bas de page 35 Note de bas de page 36}. De plus, de nombreux milieux industriels ou camps de travail emploient des travailleurs de toutes les régions du Canada, ce qui crée un risque élevé d'importation de COVID-19 dans les lieux de travail et dans de diverses régions du pays lorsque les travailleurs reviennent après leurs rotations. À la suite d'une distribution plus répandue de la vaccination en mai 2021, y compris des politiques de vaccination obligatoire dans certains milieux, une réduction drastique de l'incidence des éclosions dans les milieux industriels et agricoles a été observée; toutefois, cela peut être dû en partie à la modification des stratégies de dépistage et à la gestion des éclosions. L'incidence est demeurée relativement faible jusqu'à l'introduction du variant Omicron en novembre, pour lequel on a démontré une évasion immunitaire ^{Note de bas de page 37}. Le taux de létalité dans ce milieu était de 0,2 %, bien que cela puisse être biaisé par l'effet du travailleur en bonne santé ^{Note de bas de page 38}.

Les ESLD sont des milieux qui ont subi des effets dévastateurs à la suite d'éclosions de COVID-19 ^{Note de bas de page 39 Note de bas de page 40}. Au Canada, 80 % des décès par la COVID-19 au cours de la première vague pandémique se sont produits dans les ESLD, lorsque les vaccins contre la COVID-19 n'étaient pas encore sur le marché ^{Note de bas de page 40}. En novembre 2020, le Comité consultatif national de l'immunisation (CCNI) a recommandé que la première étape du déploiement du vaccin contre la COVID-19 soit accordée en priorité aux résidents et au personnel des ESLD, entre autres dans les établissements à risque élevé comme les résidences de retraite et les établissements de soins de courte durée ^{Note de bas de page 41}. Les administrations du Canada ont signalé un taux élevé de vaccination au sein de cette population ^{Note de bas de page 42 Note de bas de page 43 Note de bas de page 44 Note de bas de page 45}. Au début de 2021, la couverture vaccinale a augmenté chez la population des ESLD, et l'incidence de décès par la COVID-19 a diminué de façon notable et rapide dans ce milieu, conformément aux données probantes démontrant la protection vaccinale contre les conséquences graves ^{Note de bas de page 46 Note de bas de page 47 Note de bas de page 48}. En décembre 2021, nous avons observé une augmentation de l'incidence des décès associés aux éclosions dans les ESLD, ce qui reflète un changement dans le profil d'immunité après l'introduction du variant d'Omicron immunoévasif en l'automne 2021 ^{Note de bas de page 49}.

Les éclosions peuvent entraîner une morbidité et une mortalité élevées, ce qui ajoute de la pression sur le système de santé en plus des souffrances individuelles ^{Note de bas de page 50}. Pour la COVID-19, les populations suivantes ont été identifiées comme présentant un risque plus élevé pour les conséquences graves : les adultes plus âgés (en particulier ceux qui vivent dans des milieux de vie collective); les personnes atteintes de maladie chronique; les femmes enceintes; et les communautés qui subissent une charge disproportionnée de maladie (personnes de couleur, peuples autochtones, populations de réfugiés) ^{Note de bas de page 51}. Toutefois, les détails sur les communautés touchées de façon disproportionnée par la COVID-19 n'étaient pas disponibles dans le SCSEC ou les données sur les cas. Dans le cadre des données du SCSEC, les milieux de vie collective et les ESLD ont signalé un nombre élevé de cas de COVID-19; cependant, les établissements de soins de courte durée présentaient le taux de létalité le plus élevé (10,7 %). Le nombre le plus élevé de décès a été signalé dans les ESLD, suivi par les milieux de vie collective et les soins de courte durée. D'autres pays, comme la France, le Royaume-Uni, la Belgique et l'Australie, ont également noté des conséquences graves dans ces populations à risque élevé ^{Note de bas de page 52}. Les taux de mortalité dans les ESLD ont été plus élevés que ceux des adultes plus âgés dans les logements communautaires ^{Note de bas de page 53}. Une étude internationale a révélé que 19 % à 72 % des décès survenus pendant la pandémie étaient survenus dans les ESLD ^{Note de bas de page 52}. La mortalité élevée dans les établissements de soins de courte durée peut être due à des patients ayant des comorbidités qui ont eu un impact sur leur condition clinique ^{Note de bas de page 54}. Environ 90 % des décès dans les éclosions de soins de courte durée se sont produits chez des personnes de plus de 60 ans ^{Note de bas de page 54}. Il est difficile d'interpréter la gravité des éclosions dans les établissements de soins de courte durée, car les gens sont déjà hospitalisés et les taux de létalité peuvent être influencés par les conditions de santé sous-jacentes. De même, les résidents des ESLD qui tombent malades ont accès à des soins dans l'établissement plutôt que d'être hospitalisés, ce qui complique davantage l'interprétation des conséquences graves non mortelles dans ce milieu. La surveillance continue des éclosions de COVID-19 dans les ESLD et les établissements de soins de courte durée est recommandée et conforme aux pratiques actuelles de surveillance pour d'autres virus respiratoires (e.g. la grippe).

Points forts

Le SCSEC a été rapidement et efficacement mis en œuvre en tant qu'initiative novatrice en collaboration avec des partenaires fédéraux, provinciaux et territoriaux en pleine situation d'urgence liée à une maladie infectieuse émergente. L'Agence a récemment effectué une évaluation du SCSEC et a déterminé que le système de surveillance avait une bonne représentativité, avec les administrations participantes représentant 93 % de la population canadienne ^{Note de bas de page 5}. Les fournisseurs de données ont régulièrement transmis des listes d'éclosions au SCSEC sur une base hebdomadaire ce qui fait que le système a une bonne célérité. Le système est flexible et a pu s'adapter aux besoins des administrations (e.g. multiples méthodes de partage des données, différents types de fichiers) et aux changements apportés aux variables et au format des données. De plus, l'Agence a effectué le mappage des données qui proviennent des administrations aux variables du SCSEC, ce qui a réduit la charge de déclaration des provinces et amélioré l'acceptabilité du système. Les données sur les éclosions du SCSEC peuvent également être liées aux données sur les cas de la base de données nationale sur les cas de COVID-19 afin d'obtenir des renseignements sur les cas associés à une éclosion, ce qui a permis de réduire davantage la charge de déclaration pour certaines administrations, bien que le couplage des données n'ait pas été possible pour toutes les provinces participantes. L'exhaustivité des variables était excellente pour les variables minimums requises (i.e. l'identificateur de l'éclosion, le type de milieu, la date de début de l'éclosion, le nombre de cas) pour décrire les tendances des éclosions.

Les processus du SCSEC étaient efficaces, ce qui a permis de diffuser en temps opportun les tendances du SCSEC à divers publics durant son court cycle de surveillance hebdomadaire. Les données sur les tendances des éclosions, y compris sur le type de milieu, la taille, et la gravité des éclosions, ont été utilisées par le Bureau de l'administratrice en chef de la santé publique du Canada pour contextualiser la trajectoire de l'incidence des cas de COVID-19 et pour la planification et la modélisation des épidémies ^{Note de bas de page 55}. Les données sur les éclosions recueillies dans le SCSEC ont aidé à éclairer les décisions du CCNI concernant les doses additionnelles de vaccin pour les résidents des ESLD. Les épidémiologistes de l'Agence ont examiné les tendances des éclosions dans les ESLD pendant plusieurs mois après la distribution de la deuxième dose de vaccin chez les résidents des ESLD (i.e. de juin à septembre 2021) afin d'identifier toute augmentation de l'incidence et de la taille des éclosions qui pourrait indiquer un déclin de l'immunité et la nécessité d'une dose additionnelle de vaccin.

Les éclosions n'ont pas été ressenties uniformément à travers le Canada. Les provinces et les territoires moins peuplés ont signalé moins d'éclosions et des éclosions moins variées que les provinces plus populeuses ayant de grands centres urbains ou de grandes concentrations d'exploitations industrielles. Les épidémiologistes de terrain mobilisés pour aider à gérer et à effectuer des enquêtes sur les éclosions de COVID-19 dans certaines provinces et certains territoires ont utilisé des statistiques sur les éclosions agrégées à l'échelle nationale afin de formuler des recommandations de mesures de santé publique adaptées à des contextes nouveaux, mais similaires.

Limites

L'exactitude et la validité des données transmises au SCSEC par les provinces pour chaque milieu d'éclosion sont incertaines et dépendent de la capacité de santé publique à identifier les cas de COVID-19, à retracer les contacts et à établir des liens épidémiologiques. Pendant les périodes d'incidence élevée des cas de COVID-19, les éclosions peuvent être sous-estimées en raison d'une capacité limitée de santé publique ou lorsque les milieux à risque élevé sont priorisés pour les tests de dépistage. La taille des éclosions a été sous-estimée dans certains milieux comme les milieux industriels, les établissements correctionnels et les établissements de soins de courte durée, puisque les éclosions sont déclarées séparément en de plus petites unités en raison de la gestion de la santé publique (e.g. par étage, par unité ou par autre identifiant). En outre, une modification de la gestion des éclosions dans certaines administrations au cours des périodes où les cas de COVID-19 étaient très élevés (i.e. l'introduction du variant Omicron) peut avoir un effet sur l'incidence des éclosions signalées, la taille des éclosions et les dates de début/de fermeture des éclosions.

Seules sept provinces sur 13 provinces/territoires ont été incluses dans cette analyse. L'analyse nationale des éclosions présentée dans ce rapport a été fortement influencée par trois des provinces les plus peuplées du Canada (Ontario, Québec et Alberta), qui ont signalé le plus grand nombre d'éclosions (99 %) et qui ont couvert le plus grand nombre de milieux d'éclosion. Les administrations provinciales et territoriales participantes plus petites et les administrations provinciales et territoriales non participantes pourraient avoir des tendances d'éclosions qui diffèrent du portrait national présenté ici, qui a été fortement influencé par les provinces les plus peuplées.

En octobre 2021, l'Alberta a modifié sa définition d'une éclosion à deux ou dix cas dans certains milieux ^{Note de bas de page 56}. Cela aurait entraîné une sous-estimation des éclosions de plus petite taille dans ces milieux et biaisé la taille des éclosions vers celles qui ont un plus grand nombre de cas de COVID-19.

Les dénominateurs pour le nombre d'installations dans une province ou une région sanitaire n'étaient pas disponibles, et même s'ils l'étaient, il aurait été difficile de déterminer le nombre d'installations touchées par les éclosions, puisque certaines installations pourraient signaler plusieurs éclosions au fil du temps ou signaler des éclosions par unité, étage ou classe, etc. L'absence de dénominateurs par établissement et la population à risque a rendu impossible le calcul des taux d'attaque pour un milieu ou au sein des établissements.

Le mappage du type de milieu « milieux de travail non précisés » aux milieux industriels et agricoles pour les administrations qui n'ont pas déclaré les éclosions en milieux industriels séparément pourrait avoir contribué à l'inclusion des milieux de travail non industriels et agricoles. Cela aurait pu contribuer à une augmentation artificielle du nombre d'éclosions signalées dans ce type de milieu.

Conclusion

Les données provinciales sur les éclosions agrégées à l'échelle nationale ont permis d'effectuer l'analyse des tendances et d'autres analyses descriptives afin de mieux comprendre où se produisent les éclosions de COVID-19 au Canada et de soutenir les efforts continus visant à réduire la transmission dans les milieux à risque élevé. Les tendances des éclosions ont montré que les éclosions étaient signalées plus fréquemment dans certains milieux, notamment dans les écoles et les milieux de travail; cependant, les milieux de vie collective étaient sujets à des éclosions de plus grande taille et les établissements de soins de courte durée présentaient le taux de létalité le plus élevé. Les données recueillies grâce à la surveillance des éclosions complémentaient les tendances de l'incidence des cas de COVID-19 et ont permis de mieux comprendre la situation de COVID-19 au Canada. La surveillance des éclosions de COVID-19 dans des milieux à risque élevé comme les ESLD, les établissements de soins de courte durée et les milieux de vie collective est conforme aux pratiques de surveillance actuelles pour d'autres virus respiratoires et continue d'être une priorité.

Déclaration des auteurs

D. D. — Conceptualisation, méthodologie, logiciel, analyse formelle, rédaction originale, rédaction, révision et édition, visualisation

E. M. — Conceptualisation, méthodologie, rédaction originale, rédaction-révision et édition

A. B. — Conceptualisation, rédaction-révision et édition

C. C. — Conceptualisation, rédaction et révision

J. E. — Conceptualisation, rédaction et révision

R. M. — Conceptualisation, supervision, rédaction, révision et édition

K. P. — Conceptualisation, supervision, rédaction et révision

Intérêts concurrents

Aucun.

Remerciements

Nous remercions les membres actuels et anciens membres de l'équipe qui ont contribué à la gestion du Système canadien de surveillance des éclosions de COVID-19 (SCSEC) et aux analyses et rapports du SCSEC depuis mars 2021 : Samara David, Yuhui Xu, Carolyn Dohoo, Krista Wilkinson, Yasmina Tehami, Arzoo Alam et Meong Jin (Ellie) Joung. Nous remercions également les provinces participantes (C.-B., Alb., Man., Ont., Qc, N.-É., Î.-P.-É.) d'avoir recueilli et transmis leurs données à l'Agence de la santé publique du Canada (l'Agence) en 2021. Enfin, nous remercions l'équipe chargée de l'intégration des données de l'Agence de sa conceptualisation de la base de données et de son soutien continu à l'intégration des données transmises dans la base de données.

Financement

Ce travail a été appuyé par l'Agence de la santé publique du Canada dans le cadre de son mandat principal.