Virus Sabiá : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes

Section I – Agent infectieux

Nom

Virus Sabiá

Type d’agent

Virus

Taxonomie

Famille

Arenaviridae

Genre

Mammarenavirus

Espèce

Mammarenavirus brazilense

Synonyme ou renvoi

Virus Sabiá; Brazilian mammarenavirus, SABV; virus SPH 114202; fièvre hémorragique du Brésil; fièvre hémorragique de São Paulo^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2Note de bas de page 3}.

Caractéristiques

Brève description

Le Sabiá mammarenavirus est un mammarenavirus du Nouveau Monde du clade B, aussi connu sous le nom de « sérocomplexe de Tacaribe »^{Note de bas de page 3}. Le SABV est un virus enveloppé monocaténaire à ARN à sens négatif et pléomorphique^{Note de bas de page 3}. Le génome du SABV est bisegmenté et se compose de deux segments d’ARN linéaires d’une longueur d’environ 7,1 et 3,4 kilobases, respectivement^{Note de bas de page 4}. Les virions ont un diamètre de 50 à 200 nm^{Note de bas de page 3}.

Propriétés

Le génome du SABV code quatre protéines : la nucléoprotéine (NP), le précurseur des glycoprotéines (GPC), l’ARN polymérase dépendante de l’ARN (protéine L) et la protéine liant le zinc (protéine Z)^{Note de bas de page 5}. Les mammarenavirus utilisent une stratégie de codage ambisens qui consiste à transcrire de l’ARNm pour les NP et les protéines L à partir de l’ARNm génomique et l’ARNm pour les protéines GPC et Z est transcrit à partir de l’ARNm anti‑génomique^{Note de bas de page 6}. La réplication virale se produit dans le cytoplasme des cellules hôtes^{Note de bas de page 6}. Les virions matures sont libérés de la membrane plasmique par bourgeonnement^{Note de bas de page 6}. Le récepteur 1 de la transferrine de la cellule hôte facilite l’entrée de virus^{Note de bas de page 7}.

Section II – Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

Le SABV est l’agent responsable de la fièvre hémorragique brésilienne^{Note de bas de page 2}. La maladie commence avec l’apparition graduelle d’une maladie de type grippal. Les symptômes comprennent la fièvre, le malaise, la myalgie, les maux de gorge, la toux et les maux de tête ainsi que des symptômes gastro‑intestinaux (p. ex., douleurs épigastriques, nausées, vomissements, diarrhée) dans certains cas^{Note de bas de page 1Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 10Note de bas de page 11}. Après environ une à deux semaines, des manifestations hémorragiques (p. ex., des gencives qui saignent, de l’hématémèse, une conjonctivite, un choc) et neurologiques (p. ex., la somnolence, les tremblements, les crises tonico‑cloniques, les difficultés à marcher) peuvent se développer^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2Note de bas de page 10Note de bas de page 11}. Trois des cinq cas signalés de fièvre hémorragique brésilienne se sont révélés mortels^{Note de bas de page 10Note de bas de page 12}. La mort s’est produite dans les deux à trois semaines suivant l’apparition des symptômes^{Note de bas de page 1Note de bas de page 10Note de bas de page 12}.

Épidémiologie

Cinq cas de fièvre hémorragique brésilienne ont été signalés à ce jour^{Note de bas de page 10Note de bas de page 12}. Trois cas ont été contractés naturellement et se sont produits à São Paulo, au Brésil, en 1990, en 1999 et en 2020, respectivement^{Note de bas de page 1Note de bas de page 10Note de bas de page 12}. Les deux autres cas se sont produits en laboratoire en 1992 et 1994^{Note de bas de page 9Note de bas de page 13}.

Gamme d’hôtes

Hôtes naturels

Les humains sont des hôtes accidentels. L’hôte principal dans la nature est inconnu, toutefois les rongeurs sont suspectés^{Note de bas de page 8}.

Autres hôtes

Aucun.

Dose infectieuse

Inconnue.

Période d’incubation

De 7 à 14 jours^{Note de bas de page 8Note de bas de page 9}.

Transmissibilité

La voie principale d’infection avec SABV demeure incertaine, mais on pense qu’il s’agit de l’inhalation de particules infectieuses en aérosol^{Note de bas de page 1Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 12}. Les excrétions et les sécrétions de rongeurs infectés sont la source présumée d’aérosols infectieux dans les cas contractés naturellement^{Note de bas de page 8Note de bas de page 12}. On croit que la transmission du SABV entre humains est probablement possible (c’est‑à‑dire par contact direct avec les liquides organiques ou les particules aérosolisées provenant de personnes infectées), mais ceci n’a pas démontrée à ce jour^{Note de bas de page 9}.

Section III – Dissémination

Réservoir

L’hôte naturel du réservoir n’a pas été identifié, mais il est probable qu’il s’agisse d’un rongeur, puisque de nombreux autres mammarenavirus du Nouveau Monde sont maintenus dans des rongeurs qui servent de réservoir^{Note de bas de page 8}. À ce jour, SABV n’a été isolé dans la nature qu’à partir des humains^{Note de bas de page 12Note de bas de page 14}.

Zoonose

On croit que l’infection humaine se produit par contact direct avec des rongeurs infectés ou avec leurs excréments et leurs sécrétions^{Note de bas de page 15}.

Vecteurs

Aucun.

Section IV – Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

La ribavirine a démontré une efficacité pour le traitement des infections humaines au SABV^{Note de bas de page 9}. Le ST‑193, un dérivé du benzimidazole, a démontré in vitro une activité contre l’entrée virale^{Note de bas de page 16}.

Sensibilité aux désinfectants

La plupart des détergents et des désinfectants, comme le glutaraldéhyde à 2 %, l’hypochlorite de sodium à 1 %, l’éthanol à 70 % et les composés d’ammonium quaternaire, inactivent efficacement les virus enveloppés^{Note de bas de page 17Note de bas de page 18Note de bas de page 19}.

Inactivation physique

Les mammarenavirus sont inactivés par la chaleur (60 °C pendant une heure), par un pH inférieur à 5,5 ou supérieur à 8,5 et par l’exposition à l’irradiation aux ultraviolets et aux rayons gamma^{Note de bas de page 8Note de bas de page 20Note de bas de page 21}.

Survie à l’extérieur de l’hôte

La survie du SABV à l’extérieur de l’hôte est inconnue. Les mammarenavirus, excrétés dans les excrétions et les sécrétions des rongeurs infectés, sont une source connue de contamination environnementale^{Note de bas de page 22}.

Section V – Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

Le SABV peut être identifié par l’isolement et la culture du virus provenant du sang des personnes infectées^{Note de bas de page 1Note de bas de page 9}. L’ARN viral peut être détecté au moyen de la réaction de la transcriptase inverse suivie d’un PCR (RT‑PCR) et l’antigène viral peut être détecté par l’immunofluorescence indirecte et par l’essai immunoenzymatique par compétition (ELISA)^{Note de bas de page 1Note de bas de page 9Note de bas de page 23}. Les anticorps contre le SABV dans le sérum d’un patient peuvent être détectés par ELISA, l’essai de neutralisation du virus, l’essai de fixation du complément et l’immunofluorescence indirecte^{Note de bas de page 1Note de bas de page 9Note de bas de page 14Note de bas de page 24}.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu’une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité (GCB).

Premiers soins et traitement

Traitement de soutien pour gérer les symptômes de déshydratation et les saignements^{Note de bas de page 1}. La ribavirine par voie intraveineuse est efficace dans le traitement de l’infection au SABV lorsqu’elle est administrée au début de la maladie^{Note de bas de page 9}.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d’intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d’intervention après l’exposition sont disponibles dans le GCB.

Immunisation

Aucun vaccin n’est disponible.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le GCB et en consultant le Guide canadien d’immunisation.

Prophylaxie

La prophylaxie après l’exposition à la ribavirine peut réduire la gravité de la maladie^{Note de bas de page 9Note de bas de page 25}.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale se trouvent dans le GCB.

Section VI – Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

Deux infections contractées en laboratoire ont été documentées^{Note de bas de page 1Note de bas de page 9Note de bas de page 13}. En 1992, un technicien de laboratoire a développé une maladie de type grippal après une exposition au SABV^{Note de bas de page 1Note de bas de page 13}. L’infection est probablement survenue par l’entremise d’aérosol et la séroconversion a été démontrée. Le patient a été traité au moyen de fluides intraveineux et il s’est rétabli. En 1994, un chercheur travaillant dans un laboratoire hospitalo‑universitaire a été exposé à des aérosols infectieux du SABV après une fuite de liquide de culture cellulaire infecté par le virus pendant une centrifugation à grande vitesse, ce qui a résulté en une infection confirmée^{Note de bas de page 9}. Le patient a été traité au début de la maladie avec de la ribavirine et il s’est rétabli.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité (NCB) et le GCB pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d’exposition. Une ligne directrice canadienne sur la biosécurité décrivant les procédures de déclaration est également disponible.

Sources et échantillons

Sang, tissus de nécropsie, lavage de la gorge et urine^{Note de bas de page 1Note de bas de page 8}.

Dangers primaires

Le principal danger d’exposition est l’inhalation de matières infectieuses en suspension dans l’air ou en aérosol^{Note de bas de page 9}. Le contact direct du virus avec une peau ou une muqueuse blessée présente également un risque d’infection^{Note de bas de page 22}.

Dangers particuliers

Aucun.

Section VII – Contrôle de l’exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

Le SABV est un pathogène humain du groupe de risque 4 (GR4) et un pathogène animal du groupe de risque 4^{Note de bas de page 26Note de bas de page 27}. Il figure également sur la liste des agents biologiques à cote de sécurité élevée (ABCSE)^{Note de bas de page 27}.

Exigences de confinement

Les installations, l’équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 4, tel qu’ils sont décrits dans la NCB pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Remarque : Il existe d’autres exigences en matière de sécurité, comme l’obtention d’une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 4 pour l’équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la NCB doivent être respectées. L’utilisation d’une combinaison à pression positive ou d’enceintes de sécurité biologique (ESB) de classe III est requise pour tout travail avec des agents pathogènes du GR4.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l’équipement de protection individuelle pour la zone de confinement doivent être documentées.  

Autres précautions

Toutes les activités impliquant des récipients ouverts qui contiennent des matières réglementées doivent être effectuées dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) certifiée ou dans un autre dispositif de confinement primaire approprié. La centrifugation des matières infectées doit être effectuée dans des contenants fermés placés dans des gobelets de sûreté scellés ou dans des rotors qui sont déchargés dans une enceinte de sécurité biologique. L’intégrité des combinaisons pressurisées doit être vérifiée régulièrement pour détecter les fuites possibles. L’utilisation d’aiguilles, de seringues et d’autres objets pointus doit être restreinte. Les plaies ouvertes, les coupures, les égratignures et les éraflures doivent être recouvertes par des pansements imperméables. Les travailleurs doivent prendre des précautions supplémentaires pour les travaux impliquant des animaux.

Section VIII – Manutention et entreposage

Déversements

La zone de déversement doit être évacuée et sécurisée. Laisser les particules en aérosols se déposer pendant 30 minutes. Les déversements de matières potentiellement contaminées doivent être recouverts de papier absorbant (p. ex. des essuie-tout), puis abondamment recouverts d’un désinfectant efficace (p. ex., hypochlorite de sodium à 1 %). Il faut laisser le désinfectant pendant une période appropriée (p. ex., 10 minutes) avant de commencer à essuyer le déversement. Après le retrait de la matière initiale, le processus de désinfection doit être répété. Les personnes qui effectuent cette tâche doivent porter de l’EPI, notamment des respirateurs à particules (p. ex., N95 ou protection supérieure). Les gants jetables, les blouses imperméables et les lunettes de protection doivent être retirés immédiatement après la fin du processus, placés dans un sac autoclave et décontaminés avant l’élimination (GCB).

Élimination

Toutes les matières et substances qui sont entrées en contact avec les matières réglementées doivent être complètement décontaminées avant d’être retirées de la zone de confinement. Pour ce faire, on peut utiliser des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières réglementées, comme les désinfectants chimiques, l’autoclave, l’irradiation, l’incinération, un système de traitement des effluents ou une décontamination gazeuse (GCB).

Entreposage

Niveau de confinement 4 : Les exigences applicables du niveau de confinement 4 pour l’entreposage décrites dans le GCB doivent être respectées. Les agents pathogènes, toxines et autres matières réglementées doivent être entreposés dans la zone de confinement.
Les agents pathogènes du groupe de risque 4 (RG4) entreposés à long terme doivent figurer dans un répertoire qui sera tenu à jour et qui comprendra :

• l’identification précise des agents pathogènes, des toxines et des autres matières infectieuses réglementées
• un moyen de détecter rapidement un échantillon manquant ou volé

Section IX – Renseignements sur la réglementation et autres

Renseignements sur la réglementation canadienne

Les activités contrôlées avec le SABV nécessitent un permis d’agent pathogène humain et de toxines , délivré par l’Agence de la santé publique du Canada^{Note de bas de page 27}. Le SABV est un pathogène animal non indigène au Canada. Par conséquent, son importation nécessite un permis d’importation délivré par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA)^{Note de bas de page 28}.

Veuillez noter qu’il existe d’autres exigences en matière de sécurité, comme l’obtention d’une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Voici une liste non exhaustive des désignations, règlements ou lois applicables :

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
• Loi sur la santé des animaux et Règlement sur la santé des animaux
• Règlement sur le transport des marchandises dangereuses

Dernière mise à jour

2020

Rédigé par

Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Mise en garde

L’information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l’utilisation de ces renseignements.

Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les lignes directrices et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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