Veille bibliographique de la COVID-19

Résumé

Contexte : La pandémie de la maladie à coronavirus de 2019 (COVID-19) a entraîné une augmentation rapide de la documentation sur le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 et les répercussions plus vastes de la pandémie. La recherche sur la COVID-19 a été produite à un rythme sans précédent, et la capacité de rester au fait des données probantes les plus pertinentes est une priorité pour les cliniciens, les chercheurs, les professionnels de la santé publique et les décideurs. Cet article présente une méthodologie de synthèse des connaissances élaborée et utilisée par l'Agence de la santé publique du Canada pour gérer et tenir à jour un système de veille bibliographique afin de déterminer, de caractériser, de catégoriser et de diffuser quotidiennement des données probantes sur la COVID-19.

Méthodes : Le projet d'analyses quotidiennes de la documentation sur la COVID-19 comprenait un processus systématique comportant quatre étapes principales : la recherche documentaire, la recherche de la pertinence, la classification et la synthèse des études et la diffusion d'un rapport quotidien.

Résultats : À la fin de mars 2022, il y avait environ 300 000 citations liées à la COVID-19 et à la pandémie dans la base de données sur la COVID-19, dont 50 % à 60 % étaient des recherches primaires. Chaque jour, un rapport sur toutes les nouvelles citations liées à la COVID-19, les faits saillants de la documentation et un lien vers la base de données mise à jour ont été générés et envoyés à une liste de plus de 200 destinataires, notamment des organismes de santé publique fédéraux, provinciaux et locaux et des établissements d'enseignement.

Conclusion : Ce dépôt central de littérature sur la COVID-19 a été tenu à jour en temps réel afin d'accélérer les activités de synthèse des données probantes et d'appuyer la prise de décisions fondées sur des données probantes pendant la réponse à la pandémie au Canada. Ce processus systématique peut être appliqué à de futurs sujets de santé publique en évolution rapide qui nécessitent l'évaluation et la diffusion continues de données probantes.

Introduction

La propagation rapide du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2), le virus à l'origine de la pandémie de coronavirus de 2019 (COVID-19) au début de 2020 a suscité une urgence immédiate pour obtenir des données probantes afin de comprendre le virus et la façon de le combattre. Même si les données probantes étaient rares au début de 2020, on prévoyait qu'une augmentation rapide de la recherche émergerait en fonction de l'expérience récente avec la pandémie du virus Zika ^{Note de bas de page 1 Note de bas de page 2}. Au début de la pandémie, il y a eu un afflux rapide de données probantes sur la COVID-19, qui comprenaient notamment l'épidémiologie clinique et l'incidence des interventions en santé publique. Il était extrêmement important de se tenir au courant des données les plus récentes pour que les chercheurs et les décideurs soient rapidement au courant des faits nouveaux.

Alors que le monde cherchait des réponses au sujet de l'évolution de la pandémie de COVID-19, il était évident qu'il y avait un besoin urgent d'obtenir un système efficace de veille bibliographique pour repérer, gérer, synthétiser et diffuser ces données sur une base quotidienne. Le présent article vise à expliquer le processus élaboré par l'Agence de la santé publique du Canada (l'Agence) pour gérer et tenir à jour un système de veille bibliographique de la COVID-19 sur un cycle de 24 heures pour répondre aux besoins de données probantes de plusieurs groupes de recherche et de politiques tout en réduisant les redondances dans les efforts de recherche et d'extraction.

Méthodes

Rôle de l'Agence de la santé publique du Canada en réponse à la pandémie de COVID-19

L'Agence de la santé publique du Canada est responsable de la préparation et de l'intervention en cas d'urgence en santé publique ^{Note de bas de page 3}. En réponse à la pandémie, un Groupe des sciences émergentes a été créé au sein de l'Agence, composé d'employés de l'Agence possédant une expertise en modélisation des maladies infectieuses, épidémiologie, soins cliniques, diagnostics, recherche sur les virus et expertise en synthèse des connaissances. Le rôle du Groupe des sciences émergentes était d'aider à coordonner et à diffuser les informations entre les secteurs au sein de l'Agence, et de surveiller la documentation sur la COVID-19 en tant que priorité. En collaboration avec les membres du Groupe des sciences émergentes, une équipe de synthèse des connaissances possédant une vaste expérience des maladies infectieuses au sein de l'Agence a pris l'initiative de créer et de tenir à jour un système de veille bibliographique de la COVID-19 pour contribuer à la réponse à la pandémie de COVID-19.

Objet et portée du projet

Le projet de veille bibliographique a été lancé en janvier 2020. Il visait à créer et de tenir à jour un dépôt central de littérature sur la COVID-19 pour faciliter les activités de synthèse des données probantes à jour et promouvoir leur utilisation par les chercheurs et les décideurs grâce à des mises à jour quotidiennes à l'appui de la prise de décisions fondées sur des données probantes à l'échelle de l'Agence. Ce projet a été nommé Analyses quotidiennes de la documentation sur la COVID-19 (appelé analyses quotidiennes).

Au moment de sa création, il n'y avait aucun autre dépôt dans le monde qui réunissait la documentation sur la COVID-19. Au fil du temps, plusieurs dépôts de données sur la COVID-19 ont été créés (e.g. Cochrane, LOVE, LitCOVID, base de données sur la documentation sur la COVID-19 de l'OMS), chacun avec ses propres objectifs et méthodes pour classer la documentation sur la COVID-19 ^{Note de bas de page 4 Note de bas de page 5 Note de bas de page 6 Note de bas de page 7}. Ce projet d'analyses quotidiennes diffère en ce sens que : 1) les articles ont été recherchés et extraits des bases de données de prépublication, c'est-à-dire par l'extraction manuelle des citations; 2) toute la documentation sur la COVID-19 a été incluse, sans restriction; 3) la recherche a été effectuée chaque matin du lundi au vendredi (cycle de 24 heures) et 4) celle-ci a été compilée et diffusée quotidiennement aux utilisateurs finaux.

Le projet d'analyses quotidiennes a été élaboré à partir de méthodologies de synthèse des connaissances bien connues et établies qui utilisent des méthodes systématiques pour déterminer, recueillir, cartographier et produire des rapports sur les données probantes qui sous-tendent un vaste sujet, tout en répondant au besoin d'une base de données en temps réel utilisable pour la surveillance de l'évolution des sujets prioritaires ^{Note de bas de page 8 Note de bas de page 9 Note de bas de page 10 Note de bas de page 11 Note de bas de page 12}. Les analyses quotidiennes comprenaient un processus systématique comportant quatre étapes principales, soit la recherche documentaire, la recherche de la pertinence, la classification et la synthèse des études et la diffusion des données probantes dans un rapport quotidien (figure 1). Un aperçu général de chaque étape de ce processus est décrit ci-dessous et des détails supplémentaires sont fournis dans le document « matériel supplémentaire ».

Figure 1 - Équivalent textuel

Le processus d'analyse quotidienne comprenait les étapes suivantes : 1) faire des recherches dans plusieurs bases de données, 2) tenir à jour les résultats de recherche dans le logiciel de gestion des citations et les reproduire de façon continue, 3) utiliser des outils de classement par IA dans DistillerSR pour filtrer les articles en groupes d'articles primaires et secondaires de recherche sur la COVID-19; 4) résumer et classer systématiquement les articles sur la COVID-19 selon les priorités; 5) exporter les résultats dans les modèles de rapport; 6) mettre en évidence la documentation clé; et 7) diffuser les analyses quotidiennes à tous les intervenants.

Équipe d'analyses quotidiennes

Depuis le début de ce projet, l'équipe de synthèse des connaissances du Laboratoire national de microbiologie a coordonné les contributions de plus de 50 personnes de l'ensemble de l'Agence. Un spécialiste de la recherche et trois responsables de l'analyse ont géré et coordonné les activités quotidiennes du projet, sous la supervision d'un gestionnaire. Chaque jour, environ 10 à 15 examinateurs ont contribué à l'examen, à la catégorisation et à la synthèse de la documentation à temps partiel (une à trois heures par jour).

Stratégie de recherche

Une recherche documentaire (publiée et prépubliée) a été effectuée quotidiennement du lundi au vendredi. Les recherches visant à extraire de la documentation pertinente sur la COVID-19 ont été effectuées dans sept bases de données : PubMed, Scopus, BioRxiv, MedRxiv, ArXiv, SSRN et Research Square. ArXiv, SSRN et Research Square exigent un processus manuel d'extraction des citations.

Gestion de base de données

Les résultats de la recherche ont été gérés dans le logiciel de gestion des citations Endnote (EndNote X8, Clarivate Analytics). Pour faciliter l'accès à la base de données des citations par les utilisateurs finaux, les citations ont été transférées à un autre logiciel de gestion des citations, RefWorks (RefWorks, ProQuest LLC). Les citations ont ensuite été importées dans le logiciel de gestion des examens systématiques en ligne DistillerSR^® (Evidence Partners Inc., Ottawa, Canada). L'équipe a relevé et supprimé les doublons dans chaque logiciel.

La gestion des citations pour la recherche, la caractérisation et l'extraction des données a été effectuée à l'aide de DistillerSR. Cette plateforme a permis à plusieurs examinateurs de travailler au projet simultanément dans l'ensemble de l'Agence.

Classement de la documentation sur la COVID-19

Après l'importation des résultats de la recherche quotidienne dans DistillerSR, deux outils de classement par intelligence artificielle (DistillerAI) ont été utilisés pour classer automatiquement la documentation sur la COVID-19 en trois groupes définis : la recherche de synthèse (e.g. examens systématiques, méta-analyses, examens de la portée); la recherche primaire; et les articles secondaires (e.g. critiques narratives, commentaires, lettres à la rédaction). La recherche primaire a ensuite été filtrée pour la collecte de données afin d'améliorer le classement et les synthèses.

Chaque matin, la documentation primaire était divisée et distribuée dans DistillerSR à une équipe d'examinateurs. Les membres ont utilisé un formulaire de collecte de données conçu au début du projet pour recueillir des renseignements pour chaque article de recherche primaire dans DistillerSR. Le formulaire a permis aux examinateurs de fournir un résumé des éléments de preuve, de les classer en thèmes déterminés (e.g. épidémiologie, transmission) et de s'assurer qu'il y avait un lien fonctionnel vers l'article afin qu'il soit facilement accessible. Les examinateurs ont également repéré des documents primaires qui méritaient d'être notés dans les articles qui leur ont été attribués et qui devaient être inclus dans la section des « faits saillants » du rapport de courriel sur les analyses quotidiennes afin d'attirer l'attention de l'utilisateur final sur de nouvelles recherches sur des sujets prioritaires liés à la COVID-19. Un examinateur remplissait le formulaire de collecte de données pour chaque article. Les responsables des analyses ont effectué des vérifications ponctuelles fréquentes pour vérifier les résultats et assurer l'uniformité.

Résultats

Volume et objet de la littérature

Au départ, il y avait moins de 50 citations repérées chaque jour, ce qui a rapidement augmenté au cours de l'hiver 2020 pour atteindre une médiane de 700 citations par jour. Après les six premiers mois de la pandémie (janvier à juin 2020), le volume de recherche produit s'est stabilisé à environ 50 000 articles par période de six mois (figure 2). À la fin de mars 2022, il y avait environ 300 000 citations liées à la COVID-19 et à la pandémie dans la base de données.

Figure 2 - Équivalent textuel

Volume de documentation sur la COVID-19 entre février 2020 et mars 2022. Le nombre total cumulatif d'articles a continué d'augmenter de façon constante entre février 2020 et mars 2022.

Calendrier	Nombre d'articles sur la COVID-19
Février à mai 2020	23 572
Juin à septembre 2020	48 214
Octobre 2020 à janvier 2021	47 587
Février à mai 2021	48 798
Juin à septembre 2021	52 986
Octobre 2021 à janvier 2022	47 114
Février à mars 2022	23 891

Bien qu'une médiane de 700 citations ait été relevée chaque jour, la fourchette était de 200 à 2 500 citations. En général, de 50 % à 60 % des citations étaient des recherches primaires et les autres étaient des articles secondaires (e.g. examens de la documentation, nouvelles scientifiques, comptes rendus de conférences).

Les examinateurs ont attribué à chaque article de recherche primaire un ou plusieurs thèmes déterminés qui ont été abordés par les résultats de l'article. À la fin de mars 2022, le nombre total d'articles par thèmes comprenait les données cliniques (n = 48 179), l'épidémiologie (n = 42 622), la réponse des soins de santé (n = 17 559), la réponse de la santé publique (n = 15 505), la coronavirologie (n = 14 480), la santé mentale (n = 11 261), la modélisation (n = 11 184), la thérapie (n = 10 946), les diagnostics (n = 10 532), l'immunologie (n = 10 357), les interventions en santé publique (n = 8 737), la recherche sur les vaccins (n = 8 373), la transmission (n = 4 547), les séquelles à long terme (n = 2 376), le modèle animal (n = 2 358), la prévention et contrôle des infections (n = 1 935), les essais contrôlés randomisés (n = 1 547), la surveillance (n = 1 291), l'économie (n = 1 020), les zoonoses/COVID-19 chez les animaux (n = 419) et les autres recherches sur les répercussions de la COVID-19/pandémie qui ne sont pas incluses dans d'autres domaines (n = 15 811).

Diffusion des analyses quotidiennes

Les données ont ensuite été compilées chaque jour pour produire les analyses quotidiennes. Les données ont d'abord été exportées de DistillerSR vers un modèle Microsoft Excel conçu pour organiser automatiquement les données dans le format requis pour le rapport. Un modèle Microsoft Word a ensuite été rempli avec chaque article, chaque thème et chaque résumé. Enfin, ce rapport a été placé dans un courriel avec les points saillants de la documentation pour la journée et un lien vers la base de données des citations et la feuille de calcul Microsoft Excel accessible par l'intermédiaire de Google Drive, qui contenait une liste interrogeable de tous les documents avec leurs catégories et leurs résumés par thèmes. La liste d'envoi des analyses quotidiennes comprenait plus de 200 destinataires et groupes, notamment des organismes de santé publique fédéraux, provinciaux et locaux, ainsi que des établissements d'enseignement.

Maintenance de la base de données

Comme les prépublications ont fait l'objet d'un examen par les pairs et ont été publiés, ils ont été repérés dans la recherche et signalés. Un processus a été élaboré pour retirer les articles prépubliés des bases de données une fois qu'ils ont été publiés afin de s'assurer que les utilisateurs finaux n'utilisent pas accidentellement les articles prépubliés à la place des articles publiés. Le spécialiste des recherches a repéré des articles publiés qui étaient auparavant dans la catégorie prépubliée et les a mis en retrait dans Refworks, DistillerSR et les feuilles Excel.

Utilisation des analyses quotidiennes

Les résultats des analyses quotidiennes ont été utilisés de diverses façons par les utilisateurs finaux de l'Agence et d'autres organisations. Premièrement, le rapport quotidien et les faits saillants ont été largement utilisés par les groupes qui travaillent à la réponse à la pandémie pour se tenir au courant des principales nouvelles recherches pertinentes à leur travail. Comme notre base de données couvrait toute la documentation sur la COVID-19, notamment les conséquences plus vastes de la pandémie, il s'agissait d'une ressource qui répondait aux besoins d'un large éventail d'utilisateurs finaux qui participaient à l'intervention à la pandémie.

Deuxièmement, les équipes de synthèse des données probantes de l'Agence ont tiré parti de cette base de données pour répondre rapidement aux demandes urgentes de données probantes, effectuer des synthèses rapides des données probantes sur les questions prioritaires et rationaliser les données probantes dans d'autres projets axés sur le domaine (e.g. vaccins, traitements, mesures de santé publique). L'équipe de synthèse des connaissances qui a dirigé ce projet a également effectué plus de 150 synthèses de données probantes rapides sur des sujets hautement prioritaires liés à la COVID-19 depuis février 2020. Il fallait avoir accès à un dépôt à jour et interrogeable pour produire rapidement ces produits de synthèse des données probantes. D'autres groupes ont également utilisé le dépôt pour examiner la synthèse des données probantes, présenter les faits saillants à la haute direction, alimenter les modèles prédictifs, créer des lignes directrices et du contenu Web et répondre aux demandes des médias.

En novembre 2021, un court sondage a été envoyé à tous les destinataires des analyses quotidiennes pour obtenir des renseignements supplémentaires sur la façon dont ils utilisaient les analyses quotidiennes et pour évaluer la nécessité de poursuivre ce projet. L'enquête a révélé un consensus selon lequel les analyses quotidiennes demeurent un outil précieux et nécessaire pour la réponse continue à la pandémie au sein de l'Agence et dans d'autres ministères. Plusieurs équipes ont indiqué qu'elles seraient touchées négativement si le programme était abandonné et qu'elles devraient affecter des ressources à la recherche documentaire pour poursuivre leurs projets et activités liés à la COVID-19.

Discussion

L'ampleur de ce projet, l'inclusion de toute la documentation sur la COVID-19 et le cycle de mise à jour de 24 heures sont uniques à ce projet. Ces caractéristiques sont essentielles à son utilité pour répondre aux besoins importants des chercheurs et des décideurs au sein de l'Agence et dans d'autres ministères. Le maintien d'une expertise spécialisée dans la documentation sur la COVID-19 a facilité le travail d'intervention rapide et l'évaluation continue des lacunes en matière de connaissances pendant la pandémie.

Limites

Cette méthodologie comportait plusieurs limites. Premièrement, ce projet a été créé et mis en œuvre dans un délai très court avec les ressources existantes. Le processus aurait été plus efficace avec différents logiciels et une automatisation accrue de la recherche, du filtrage, de la classification des articles et de la production de rapports. Toutefois, les contraintes de temps et de ressources liées à ce projet et à d'autres projets prioritaires liés à la COVID-19 ont limité la capacité de maintenir l'analyse quotidienne tout en apportant des changements importants qui pourraient avoir amélioré l'efficacité du processus.

Le processus a été élaboré de façon à ce qu'il soit possible de le mener selon un cycle de 24 heures. Cela signifie que même si la recherche a été approfondie, nous avons peut-être manqué des citations en raison de la langue ou d'une omission dans la stratégie de recherche (Matériel supplémentaire). Il existe un risque d'erreur humaine dans la recherche, l'examen et la classification des articles, ainsi que dans la tenue et la mise à jour de la base de données.

Utilisation actuelle et future

Compte tenu du besoin urgent de prendre des décisions de santé publique fondées sur des données probantes pendant une urgence de santé publique comme la pandémie de COVID-19, la collecte et la synthèse rapides et systématiques de données probantes sont extrêmement importantes. Au moment de la rédaction du présent article, cette base de données est encore tenue à jour et elle demeure une ressource essentielle pour de nombreux secteurs de l'Agence qui l'utilisent dans le cadre de la réponse continue à la COVID-19.

Pour se préparer à la prochaine urgence de santé publique, la planification post-pandémie sera essentielle afin d'améliorer notre cadre actuel de veille bibliographique. Il sera prioritaire d'accroître l'automatisation et l'efficacité à différentes étapes du processus de veille bibliographique en acquérant les logiciels et l'expertise nécessaires pour intégrer davantage d'automatisation au processus. L'élaboration d'une interface Web ou d'un tableau de bord pour les analyses quotidiennes réduirait le temps consacré à la création et à la diffusion des rapports. Cela permettrait aux utilisateurs finaux d'accéder directement à la base de données documentaire sur la COVID-19 et d'interagir avec elle, éliminant ainsi de nombreuses étapes de préparation de rapports dans le processus actuel. Étant donné que les technologies d'intelligence artificielle évoluent rapidement, à l'avenir, la veille bibliographique pourrait permettre d'automatiser la synthèse des études, ce qui réduirait considérablement les ressources humaines nécessaires à l'exécution du projet. Toutes les améliorations possibles mentionnées augmenteront l'efficacité du processus, ce qui le rendra plus facile à mettre en œuvre pour la prochaine urgence de santé publique.

Conclusion

Le présent article donne un aperçu d'un processus d'élaboration et de tenue à jour d'un système de veille bibliographique pour gérer l'intensification de la recherche sur la COVID-19 pendant la pandémie. Malgré la quantité sans précédent de documentation sur la pandémie, le processus de veille bibliographique a permis de cerner, de classer, de résumer et de diffuser des données probantes quotidiennement pendant plus de deux ans et a facilité l'utilisation des données probantes dans la prise de décisions par l'Agence et les intervenants externes. Ce cadre pourrait être appliqué à toute urgence de santé publique comprenant une base de données probantes en évolution rapide qui nécessite une veille continue en temps réel qui sera utilisée dans la prise de décisions.

Déclaration des auteurs

T. C. — Chef de projet, contribution aux mises à jour de la conception, rédaction de l'article

D. A. — Chef de projet, contribution aux mises à jour de la conception, rédaction de la section des résultats de l'article

A. B. — Chef de projet, contribution aux mises à jour de la conception

K. Y. — Travail sur le projet, contribution aux mises à jour de la conception

K. P. — Travail sur le projet, contribution aux mises à jour de la conception

R. A. — Conceptualisation du projet, travail sur le projet

L. W. — Conceptualisation, conception et lancement du projet, superviseur

Tous les auteurs ont approuvé la version finale aux fins de publication.

Intérêts concurrents

Aucun.

Remerciements

Nous tenons à remercier Victoria Edge et April Killikelly pour leur contribution à la conceptualisation de ce projet, le Bureau de la conseillère scientifique en chef pour avoir facilité la mobilisation des connaissances, Evidence Partners pour avoir facilité ce projet grâce à l'utilisation de son logiciel, et les nombreux bénévoles de l'Agence de la santé publique du Canada qui ont contribué à ce travail.

Financement

Ce travail a été appuyé par l'Agence de la santé publique du Canada.

Matériel supplémentaire

Ces documents sont accessibles dans le fichier « Matériel supplémentaire ».