ID NOW^TM d'Abbott détecte la COVID-19 au Québec

Résumé

Contexte : Cette étude PRONTO a examiné le rendement clinique de la méthode diagnostique COVID-19 d'Abbott ID NOW^TM (IDN) utilisé au point de service et son impact sur le délai de divulgation des résultats du test.

Méthodes : Étude prospective menée de décembre 2020 à février 2021 chez des participants avec des symptômes aigus se présentant dans trois centres désignés de dépistage de la province de Québec.

Résultats : Des échantillons appariés valides ont été obtenus auprès de 2 372 participants. Un résultat positif soit pour l'IDN, soit au test d'amplification des acides nucléiques standard (TAAN-S a été obtenu chez 423 participants (prévalence de 17,8 %). Les sensibilités globales de l'IDN et du TAAN-S étaient de 96,4 % (IC 95 % : 94,2–98,0 %) et 99,1 % (IC 95 % : 97,6–99,8), respectivement; les valeurs prédictives négatives étaient de 99,2 % (IC 95 % : 98,7–99,6%) et 99,8% (IC 95 % : 99,5–100 %), respectivement. Le délai d'obtention de résultats positifs était nettement plus rapide avec l'IDN.

Conclusion : D'après notre expérience, l'utilisation de l'IDN chez les personnes symptomatiques dans les centres désignés de dépistage est une alternative sensible fiable au TAAN-S, sans qu'il soit nécessaire de confirmer ultérieurement les résultats négatifs. Ce déploiement peut accélérer la recherche des contacts, réduire la charge des laboratoires et améliorer l'accès aux tests.

Introduction

Actuellement, les méthodologies les plus fiables pour le dépistage de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) sont les tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) standards effectués en laboratoire. Cependant, durant les premières vagues de la pandémie, la pénurie de réactifs et la forte demande ont mis à mal notre capacité et notre réactivité de santé publique^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2Note de bas de page 3Note de bas de page 4}. Le long délai d'exécution nécessaire pour obtenir le résultat de test a également compromis l'efficacité des stratégies de recherche de contacts^{Note de bas de page 5Note de bas de page 6Note de bas de page 7}. Les tests rapides délocalisés utilisés dans des contextes précis devraient accélérer la recherche des cas et des contacts et ainsi, améliorer les actions de santé publique^{Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 10}.

Le test de dépistage de la COVID-19 d'Abbott ID NOW^TM (IDN), un TAAN isotherme ciblant un segment RdRp du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2), a reçu l'autorisation d'utilisation d'urgence de Santé Canada le 30 septembre 2020. Il est autorisé en tant que test diagnostique en laboratoire et au point de service pour la détection du SRAS-CoV-2 chez les personnes présentant des symptômes de COVID-19 depuis sept jours ou moins au moment du test. Les premières études publiées ont établi une sensibilité analytique plus faible que celle de nombreux tests TAAN en laboratoire^{Note de bas de page 11Note de bas de page 12Note de bas de page 13Note de bas de page 14Note de bas de page 15}. Selon la notice du produit, les résultats négatifs doivent être traités comme présomptifs et être confirmés par un TAAN autorisé. Le Réseau des laboratoires de santé publique du Canada et la Société canadienne des clinico-chimistes ont par la suite recommandé certains scénarios d'utilisation clinique afin de trouver un équilibre entre la sensibilité limitée prévue et d'autres considérations^{Note de bas de page 16}.

La littérature publiée a démontré que la sensibilité clinique de l'IDN était liée à la charge virale de l'échantillon, les résultats faussement négatifs ayant tendance à se produire lorsque les seuils de cycle (Ct) du TAAN standard (TAAN-S) effectué en laboratoire sont de 32 ou plus, ce qui reflète des charges virales plus faibles^{Note de bas de page 12Note de bas de page 13Note de bas de page 17}. Comme d'autres l'ont montré, les charges virales les plus élevées ont été observées chez les personnes symptomatiques se présentant dans les centres désignés de dépistage^{Note de bas de page 9Note de bas de page 10Note de bas de page 11}. La présente étude visait à évaluer si l'IDN pouvait être utilisé comme un test rapide délocalisé fiable (sans confirmation ultérieure) comme moyen d'intervenir plus rapidement sur les chaînes de transmission, de soulager les ressources humaines et matérielles des laboratoires et de donner plus d'autonomie aux prestataires de soins de santé de première ligne. Nous rapportons donc la concordance et le rendement clinique de l'IDN, par rapport à un test TAAN-S, chez des personnes symptomatiques recrutées de manière prospective et se présentant dans des centres désignés de dépistage (CDD) dans la province de Québec, au Canada.

Méthodes

En décembre 2020, des instruments IDN ont été mis déployés dans trois CDD de la province de Québec. Les participants volontaires ont été invités à confirmer que les symptômes étaient apparus sept jours ou moins avant le test et à fournir deux échantillons simultanément, comme indiqué dans le tableau 1.

Le prélèvement oropharyngé et nasal bilatéral (EONB) pour le test IDN a été recueilli avec l'écouvillon en mousse fourni avec la trousse Abbott ID NOW COVID-19 de la manière suivante : après avoir écouvillonné le pharynx postérieur, les amygdales et les autres zones inflammées pendant quelques secondes chacun, l'écouvillon a été inséré dans une narine jusqu'à rencontrer une résistance au niveau des cornets (environ 2 cm), tourné cinq fois contre la paroi nasale et retiré lentement de la narine; le même écouvillon a ensuite été utilisé pour l'autre narine. L'EONB pour l'IDN a été prélevé après l'écouvillonnage oral et nasopharyngé (EONP) pour le TAAN-S à Québec et Montréal^{Note de bas de page 18}, mais effectué avant le gargarisme pour le TAAN-S à Lévis^{Note de bas de page 19}, puisque la procédure de gargarisme pourrait diluer les virus présents avant l'écouvillonnage pour l'IDN.

Le test IDN a été réalisé sur place, dans l'heure qui a suivi le prélèvement, par des professionnels de formation et d'expérience diverses qui ont été formés par nos équipes à l'utilisation de l'instrument IDN, conformément à la notice d'utilisation.

Le TAAN-S à Montréal (Hôpital Maisonneuve-Rosemont) et à Québec (Centre hospitalier universitaire [CHU] de Québec) était un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel ciblant le gène E de la protéine structurelle de l'enveloppe^{Note de bas de page 18Note de bas de page 20}. L'inactivation et la lyse thermique, plutôt que l'extraction chimique, ont été effectuées avant le test PCR, comme décrit précédemment^{Note de bas de page 18}. Le TAAN-S de Lévis (Centre intégré de santé et de services sociaux [CISSS] de Chaudière-Appalaches) était effectué avec la trousse Allplex^TM de Seegene, comme décrit précédemment^{Note de bas de page 19}.

Aucune donnée personnelle n'a été collectée en dehors des renseignements disponibles sur la requête COVID-19 (sexe, âge, durée des symptômes, historique des contacts COVID-19). La durée des symptômes et l'historique des contacts, combinés à un TAAN supplémentaire le cas échéant, ont été utilisés pour classer les stades d'infection des participants pour lesquels des résultats discordants ont été obtenus. L'infection aiguë a été définie comme le fait de présenter au moins un symptôme parmi la fièvre, la toux, l'écoulement nasal, la dyspnée, le mal de gorge, l'anosmie et l'agueusie, ou une combinaison de deux des symptômes suivants : maux de tête, fatigue, douleurs musculaires, anorexie, nausées ou vomissements, crampes abdominales ou diarrhée, dans les sept jours suivant l'apparition de l'infection. Lorsque les données collectées ont révélé des erreurs de classification, des données erronées collectées par le personnel ou par le participant, le cas est resté inclus dans l'étude, conformément à la réalité clinique.

Pour chaque site d'étude, le temps-réponse a été défini comme le délai entre le prélèvement de l'échantillon et la disponibilité du rapport de laboratoire pour les paires positives concordantes (les résultats de l'IDN et du TAAN-S étaient tous deux rapportés). À Lévis, le temps entre le prélèvement de l'échantillon et l'obtention des réponses au questionnaire de santé publique auprès du cas et des contacts du ménage a également été calculé. Le délai d'exécution pour les résultats négatifs n'a pas été comptabilisé puisque les résultats négatifs de l'IDN n'ont pas été rapportés pendant la période d'étude.

Cette étude PRONTO a été entreprise durant la deuxième vague de COVID-19 au Québec, avec des milliers d'échantillons reçus quotidiennement. Il y avait un contexte d'urgence (avec une pression publique, administrative et médiatique) pour implanter les tests de dépistage rapide. La nécessité d'approbation formelle par un comité d'éthique de la recherche a été levée puisque l'étude était mandatée par le directeur national de santé publique dans le cadre de la réponse de santé publique pendant l'état d'urgence sanitaire. Le consentement verbal explicite a été obtenu de tous les participants après avoir reçu une description verbale du projet.

Analyses statistiques

Les échantillons produisant des résultats non valides par l'un ou l'autre des tests ont été exclus des calculs.

Les données ont été analysées à l'aide d'un tableau de contingence. En l'absence d'une méthode de référence pour la détection de l'acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2, la méthode utilisée pour le pourcentage d'accord positif et le pourcentage d'accord négatif était le TAAN-S. Outre le calcul des taux globaux de concordance, le niveau de concordance a été évalué à l'aide des statistiques de kappa (STATA V16.1). Par définition, les valeurs de kappa supérieures à 0,75 indiquent une excellente concordance, les valeurs comprises entre 0,40 et 0,75 indiquent une concordance moyenne à bonne, et les valeurs inférieures à 0,40 représentent une concordance médiocre due au hasard^{Note de bas de page 21}. Pour évaluer la sensibilité clinique et la valeur prédictive négative de l'IDN et du TAAN-S, un participant a été considéré comme infecté si au moins un résultat des échantillons appariés était positif, en supposant une spécificité de 100 % des deux tests. Les intervalles de confiance à 95 % (IC 95 %) ont été obtenus à l'aide de STATA V16.1.

Résultats

Entre le 6 décembre et le 22 février 2020, des échantillons appariés ont été obtenus auprès de 2 395 personnes. Après exclusion de 23 paires associées à un résultat non valide avec l'une ou l'autre des méthodes, l'analyse de rendement a porté sur 2 372 participants (tableau 2).

Comme le montre le tableau 3, un total de 423 participants (17,8 %) ont été considérés comme infectés (au moins un résultat positif par IDN ou par TAAN-S). Des résultats positifs concordants ont été obtenus sur 404 paires (95,5 %); parmi les 19 paires discordantes, quatre étaient positives avec IDN uniquement et 15 avec le TAAN-S uniquement. La concordance était excellente, comme en témoigne la valeur du coefficient kappa de 0,97. Dans l'ensemble, la sensibilité et la valeur prédictive négative de l'IDN ont été estimées respectivement à 96,4 % (IC 95 % 94,2–98,0) et 99,2 % (IC 95 % 98,7–99,6), avec peu de variation (non statistiquement significative) entre les centres (tableau 4).

Les caractéristiques des 19 participants pour lesquels des résultats discordants ont été obtenus sont présentées dans le tableau 5. Pour les 15 IDN négatifs, la valeur moyenne du Ct du TAAN-S positif correspondant était de 33,5 (fourchette 30,9–35,0). Les valeurs moyennes de Ct pour les paires positives concordantes, disponibles pour le CDD de Québec (26,0) et le CDD de Montréal (23,5), étaient nettement plus faibles, reflétant une charge virale plus élevée. Parmi les 15 participants pour lesquels le profil discordant était TAAN-S positif/IDN négatif, deux étaient asymptomatiques, quatre étaient considérés comme des cas tardifs et neuf comme des cas d'infection aiguë. Parmi les quatre participants pour lesquels le profil discordant était TAAN-S négatif/IDN positif, deux avaient une infection aiguë et deux n'ont pu être ni classés ni confirmés par des tests supplémentaires.

Le délai entre l'échantillonnage et la disponibilité du rapport de laboratoire des résultats positifs était en moyenne de 20,1 heures pour le TAAN-S et de 1,2 heures pour l'IDN. À Lévis, le délai entre le prélèvement et la fin de l'enquête de santé publique auprès du cas a été en moyenne de 36,0 heures pour les individus symptomatiques qui ont eu des résultats positifs au SOC-NAAT ou négatifs à l'IDN ou qui n'ont pas participé à cette étude, mais qui ont été évalués dans le même centre désigné de dépistage au cours de la même période et pour lesquels le test a été effectué par le SOC-NAAT (n = 283); il a été de 13,6 heures pour les 110 participants pour lesquels l'IDN était positif, soit une différence de 22,4 heures (95 % CI 18,8–26,1, p < 0,0001).

Discussion

Dans cette étude PRONTO, le rendement clinique de l'IDN a été comparé à celui du TAAN-S chez un grand nombre de personnes symptomatiques dans des centres désignés de dépistage. La concordance entre les deux stratégies de test était presque parfaite. Bien que la sensibilité de l'IDN (96,4 %) ait été légèrement inférieure à celle de TAAN-S (99,1 %), la différence n'était pas statistiquement significative. Très peu de résultats faussement négatifs ont été observés, d'où une excellente valeur prédictive négative de 99,5 % et 99,8 % pour l'IDN et le TAAN-S, respectivement. Ainsi, nos résultats diffèrent des études précédentes qui ont démontré une sensibilité plus faible (55 %–84 %)^{Note de bas de page 22Note de bas de page 23}. Certaines études récentes suggèrent un meilleur rendement (86 %–100 %), bien que l'IC à 95 % dans ces dernières études soit plus large, en raison d'un échantillon plus petit^{Note de bas de page 22Note de bas de page 23Note de bas de page 24Note de bas de page 25Note de bas de page 26Note de bas de page 27Note de bas de page 28}. Cet écart de sensibilité pourrait s'expliquer par la variation de la probabilité de pré-test dans la population cible^{Note de bas de page 29} et par notre méthodologie d'écouvillonnage optimisée^{Note de bas de page 30}. L'étude actuelle a été réalisée dans un groupe présentant des titres viraux probablement plus élevés et une probabilité pré-test plus forte, lors d'une vague de prévalence élevée. Un protocole d'écouvillonnage à compartiments multiples utilisé ici, incluant trois zones de la gorge et les deux narines, s'est avéré être une alternative sensible à l'écouvillonnage nasopharyngé^{Note de bas de page 31}. Une autre explication possible est que les comparateurs TAAN-S utilisés dans notre étude sont associés à une sensibilité analytique plus faible que les autres TAAN commerciaux actuellement utilisés pour la détection du SRAS-CoV-2^{Note de bas de page 18}. En effet, sur le site de Montréal (données non présentées), au cours de la même période, les paires de prélèvements obtenus chez 127 individus similaires (présentant des symptômes compatibles avec la COVID-19) ont été analysées par IDN (EONB) et par un TAAN commercial (EONP): 38 avaient des résultats positifs concordants; 85 avaient des résultats négatifs concordants; et quatre avaient des résultats négatifs à l'IDN, mais positifs au TAAN commercial (sensibilité de l'IDN 90,5 %; IC 95 % 77,4–97,3).

Les paires discordantes ont été classées en fonction de leur stade clinique probable, car les infections tardives présentant des valeurs de Ct plus élevées peuvent ne pas refléter la contagiosité^{Note de bas de page 32Note de bas de page 33Note de bas de page 34}. Nous avons supposé, comme hypothèse pour notre étude, que les résultats faussement négatifs seraient associés à une charge virale plus faible, l'individu infecté étant présumé moins contagieux. Bien que le moment du test soit important pour surveiller la dynamique de la charge virale, nos données ont confirmé que les résultats discordants sont associés à un Ct plus élevé, un indicateur indirect de la charge virale^{Note de bas de page 35Note de bas de page 36}.

Le risque de ne pas détecter tous les cas (ou le risque de résultats faussement négatifs) peut être atténué par un counselling approprié : les messages automatisés envoyés avec les résultats négatifs invitent les personnes à faire un nouveau test et à consulter un médecin si les symptômes ne disparaissent pas d'eux-mêmes après 48 heures^{Note de bas de page 37Note de bas de page 38}. Cela pourrait également être contrebalancé par la rapidité des résultats et la possibilité d'améliorer l'accès aux tests en augmentant la capacité globale des laboratoires. Bien que la sensibilité moindre de l'IDN et les cas manqués puissent être considérés comme des obstacles à la promotion de cette technologie, nous pensons le contraire, en particulier dans le contexte d'une forte adhésion à la vaccination. La sensibilité clinique d'une stratégie doit inclure la sensibilité analytique, mais aussi le délai d'exécution et l'accès aux tests. L'utilisation de l'IDN a permis d'accélérer le traçage des contacts et nous pensons qu'il a augmenté l'accès aux tests en proposant un prélèvement EONB moins intrusif et en délocalisant l'analyse dans les centres désignés de dépistage. Par ailleurs, un sondage québécois a montré que la moitié de la population admissible présentant des symptômes compatibles avec la COVID-19 n'a pas subi de test de dépistage pendant la période d'étude^{Note de bas de page 39}. Des tests rapides ou des méthodes d'échantillonnage plus confortables pourraient représenter une solution intéressante^{Note de bas de page 18Note de bas de page 19}.

L'approche optimale pour le diagnostic de la COVID-19 fait l'objet de débats. Certains experts mettent l'emphase sur la sensibilité des tests et négligent les impacts de la recherche accélérée des contacts sur la santé publique et la population^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8}. Bien que les processus des TAAN-S soient désormais optimisés pour un volume élevé de tests, les ressources des laboratoires sont fortement sollicitées, notamment avec le retour à la « normale » des activités cliniques. Un scénario intéressant consisterait à fournir des IDN directement aux cliniques de première ligne, avec des indications claires sur les personnes à tester avec cette stratégie (e.g. les personnes symptomatiques et les contacts proches des cas positifs). Une analyse coût-efficacité devrait être entreprise pour mieux guider les spécialistes de la santé publique, les microbiologistes, les administrateurs et les cliniciens canadiens.

Dans notre étude, les résultats étaient disponibles plus rapidement si les échantillons étaient testés avec IDN par rapport TAAN-S dans tous les centres désignés de dépistage, avec une enquête de santé publique démontrée plus rapide à Lévis pour l'IDN par rapport au TAAN-S. Bien qu'il s'agisse d'indicateurs différents, les deux sont des reflets de l'intervention en matière de santé publique et montrent un avantage net pour IDN. Les recommandations actuelles de santé publique sont que les personnes présentant des symptômes de COVID-19 (et leurs contacts familiaux dans certaines régions à forte prévalence) doivent s'auto-isoler dès l'apparition des symptômes. Cependant, aucune intervention ne peut être faite auprès des contacts tant que les personnes symptomatiques n'obtiennent un diagnostic confirmé de COVID-19. Sans résultats rapides, la santé publique perd une précieuse fenêtre d'opportunité, en particulier si ces contacts ne présentent pas des manifestations typiques de la maladie. Nous pouvons également postuler que l'adhésion à l'auto-isolement est accrue lorsque le diagnostic est confirmé.

Forces et faiblesses

Parmi toutes les études similaires publiées à ce jour, cette étude PRONTO compte le plus grand nombre de participants, dépassant même le nombre total de participants inclus dans l'examen systématique de Tu et al. ^{Note de bas de page 24}. Étant donné qu'il s'agit d'une étude multi-sites et qu'elle a été réalisée dans un cadre réel (e.g. le personnel effectuant les tests IDN provenait de formations et d'expériences diverses), la validité externe est accrue. Nous avons pu recueillir des données comparatives dans le cadre du processus de mise en œuvre dans des centres et des laboratoires débordés. Nous avons également cherché à documenter, dans deux des sites, l'impact du dépistage rapide sur les interventions de santé publique. Bien qu'il ne soit pas possible d'établir une relation de cause à effet entre l'utilisation des IDN et l'impact sur la transmission aux contacts, nous postulons qu'un traçage plus rapide profitera aux stratégies de confinement de la santé publique^{Note de bas de page 9Note de bas de page 10}.

Notre étude présente certaines limites. Tout d'abord, le TAAN-S différait d'un laboratoire à l'autre, bien qu'il ait adhéré aux mêmes panels de validation fournis par le laboratoire de santé publique du Québec. Deuxièmement, très peu de données sur les participants ont été recueillies auprès des établissements participants. Ainsi, l'IDN n'a pas pu être corrélé avec les indications du test, la pertinence du test et l'évolution clinique des personnes dont les résultats sont positifs. Troisièmement, les différences de pratiques au sein des centres désignés de dépistage et entre eux (e.g. personnel différent, recommandations changeant rapidement au fil du temps) peuvent représenter des variables de confusion, par exemple en incluant certaines personnes asymptomatiques. Quatrièmement, notre définition diagnostique (au moins un résultat positif des échantillons appariés), qui implique une spécificité de 100 % des deux tests, peut avoir conduit à une légère surestimation de la sensibilité des deux tests. Bien que les résultats faussement positifs de l'IDN soient considérés comme peu probables^{Note de bas de page 28} par rapport aux résultats faussement positifs de la PCR de laboratoire bien décrits^{Note de bas de page 40}, nous soupçonnons deux résultats faussement positifs dans notre étude (tableau 5), et nous avons été témoins de quelques résultats faussement positifs confirmés, toutefois peu fréquents, de l'IDN dans lors de tests effectués de routine après la fin de l'étude.

Conclusion

D'après notre vaste expérience, l'utilisation de l'IDN dans les centres désignés de dépistage avec une méthode de prélèvement optimisée chez les personnes présentant des symptômes aigus peut être réalisée en toute sécurité sans qu'il soit nécessaire de confirmer en laboratoire les résultats négatifs. Dans ce contexte, l'IDN peut être considéré comme une option de test autonome. Ce déploiement accélère la recherche des contacts des cas positifs et réduit la charge des laboratoires, tout en augmentant l'accès au dépistage.

Déclaration des auteurs

I. G. S. — A conçu l'idée originale, a obtenu le soutien financier, a effectué les recherches bibliographiques supplémentaires, rédigé le manuscrit, l'a révisé et corrigé

J. L. — A conçu l'idée originale et les analyses statistiques, a effectué les premières recherches documentaires, a rédigé la première version, a supervisé le projet

J. D. — A conçu l'idée originale et les analyses statistiques, a effectué des recherches bibliographiques supplémentaires, a rédigé le manuscrit, a effectué des recherches bibliographiques supplémentaires, a effectué le traitement des données et les analyses statistiques, a supervisé le projet

M. J. W. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

F. B. — A collecté les données et a contribué à l'analyse et à la conservation des données

L. R. — A fourni des ressources, validé la méthodologie et la faisabilité, supervisé le projet

J. H. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

J. B. S. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

M. P. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

S. B. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

V. D. — A collecté les données et contribué au contenu de laboratoire du manuscrit

A. C. L. — A effectué le traitement des données et les analyses statistiques, a effectué les recherches bibliographiques supplémentaires, a rédigé le manuscrit, a visualisé la présentation des données, a révisé et édité le manuscrit, a supervisé le projet

Tous les auteurs ont approuvé la version finale à publier et ont accepté d'être responsables de tous les aspects du travail.

Le contenu de l'article et les points de vue qui y sont exprimés n'engagent que les auteurs et ne correspondent pas nécessairement à ceux du gouvernement du Canada.

Intérêts concurrents

Aucun.

Remerciements

Nous remercions tous les participants, les administrateurs et le personnel des centres désignés de dépistage qui les ont pris en charge et ont réalisé l'IDN, ainsi que les technologues de laboratoire qui ont réalisé les TAAN-S pour cette étude.

Financement

Cette étude PRONTO n'a reçu aucun financement privé. Les trousses IDN ont été fournies par Santé Canada, et les ressources humaines ont été financées par le ministère de la Santé et des Services sociaux par le biais du budget de chacune des trois institutions participantes.