Synthèse en bref sur les périodes d’incubation du SRAS-CoV-2

Homma (2021)^{Note de bas de page 11}

Étude de cohorte rétrospective

Japon
mars 2020 à 2021

Une petite cohorte rétrospective qui comprenait 30 cas causés par le variant Alpha en mars 2021 a ensuite fait l'objet d'une comparaison avec d'autres souches du SRAS-CoV-2 entre mars 2020 et janvier 2021.

• La période d'incubation déclarée pour le variant Alpha était plus courte que celle des autres souches, soit une moyenne de 3,53 jours par rapport à 5,71 jours avec une médiane de 3,0 jours par rapport à 5,0 jours, respectivement.
• La période d'incubation du variant Alpha dans les milieux avec contacts étroits était 0,62 fois plus courte que celle des autres souches (IC à 95 % : 0,47 à 0,82) après ajustement en fonction de l'âge et du sexe.

Li (2021) ^{Note de bas de page 14}
préimpression

Enquête épidémiologique

Chine
juin 2021

Une étude effectuée en Chine a indiqué un intervalle plus court entre l'exposition et le premier résultat positif au test PCR dans les cas de quarantaine associés à une éclosion du variant Delta dans la province du Guangdong (n = 34) comparativement aux cas causés par les souches génétiques 19A/19B au début de l'épidémie de 2020 (n = 29).

• L'intervalle plus court entre l'exposition et le premier résultat positif au test PCR (période de latence) dans les cas en quarantaine ayant été infectés par le variant Delta était une médiane de 4 jours (EI 3 à 5) comparativement à 6 jours (EI 5 à 8) dans un échantillon de cas retracés qui ont été examinés pendant la vague initiale de l'épidémie en 2020.

Kang (2021)^{Note de bas de page 13} préimpression

Enquête épidémiologique

Chine
mai et juin 2021

On y décrit les caractéristiques épidémiologiques et de transmission en ce qui concerne l'éclosion qui a eu lieu dans le sud de la Chine.

L'analyse comprend 167 cas causés par le variant Delta dans le Guangdong.

• L'estimation moyenne de la période d'incubation de 95 cas symptomatiques était de 5,8 jours (IC à 95 %, 5,2 à 6,4).
• Le 95e centile pour les cas d'incubation associés au variant Delta était de 11,5 jours (IC à 95 %, 10,1 à 13,0).
• La période de latence était de 4,0 jours en moyenne (IC à 95 % 3,5 à 4,4)
• Dans cette étude, 73,9 % de la transmission s'est produite avant l'apparition des symptômes, avec un pic d'infection estimé à 2,1 jours (IC à 95 %, 1,5 à 2,7) avant l'apparition des symptômes.

Public Health England (2021)^{Note de bas de page 12}
Rapport

Analyse des données de surveillance

Royaume-Uni
mars à mai 2021

Données sur la recherche des contacts en provenance du Royaume-Uni obtenues entre le 29 mars et le 9 juin 2021.

• Pour les contacts intrafamiliaux et autres, la période médiane d'incubation était de 4 jours (EI estimé à partir du graphique pour 2 à 7 jours) pour les variants Delta et Alpha.

Song (2021)^{Note de bas de page 7}

Revue systématique

S.O.
juin 2021

Cette revue systématique incluait une recherche effectuée jusqu'au 10 mars 2021 sur la COVID-19 dans les groupes familiaux. Dix-huit études récentes (publiées entre janvier et mai 2020) portant sur 34 enfants et 98 adultes appartenant à 28 familles ont été incluses. La période d'incubation a été déclarée pour 31 enfants et 72 adultes.

Aucune évaluation du risque de biais n'a été effectuée.

• La période d'incubation médiane (EI) était plus longue chez les enfants que chez les adultes avec des valeurs respectives de 10 jours (1 à 30) chez les enfants et de 7 jours (1 à 29) chez les adultes (p = 0,045).

Elias (2021)^{Note de bas de page 5}

Brève communication

Méta-analyse

janv. 2021

Une recherche systématique a été effectuée sur les études publiées entre le 1er janvier 2020 et le 10 janvier 2021 et faisant état de la période d'incubation du SRAS-CoV-2. Aucune étude sur les VP n'a été relevée.

Il n'y a eu ni protocole en ce qui concerne les revues systématiques ni évaluation du risque de biais.

La méta-analyse comprenait 99 études, dont 23 (23,2 %) étaient des études de cohorte, 61 (61,6 %) étaient des séries de cas et 15 (15,2 %) étaient des études de modélisation.

Les résultats de la méta-analyse sont disponibles ici.

• La période d'incubation moyenne était de 6,38 jours (IC à 95 %, 5,79 à 6,97; I2 = 100 %, 99 études), plage de 2,33 à 17,60 jours.
• La période médiane d'incubation a été estimée à 5,41 jours (IC à 95 %, 4,74 à 6,07, I2 = 95 %, 99 études).
• Dans la métarégression, le plan de l'étude n'expliquait que 10 % de l'hétérogénéité entre les études avec, comme constatation, que la période d'incubation pour les études de cohorte et les modèles prédictifs était plus courte que dans la série de cas (p < 0,01).

Li (2021)^{Note de bas de page 15}

Examen exploratoire

S.O.
avril 2021

Cet examen exploratoire comprenait une recherche effectuée jusqu'au 10 décembre 2020 et incluait 1 920 cas confirmés.

L'analyse individuelle des patients a été effectuée en transformant les données des cas afin qu'elles correspondent à deux intervalles censurés, ce qui a été vu comme le meilleur moyen pour obtenir une estimation précise.

Un modèle avec temps d'échec accéléré a été utilisé pour estimer la répartition du temps jusqu'à l'événement.

Cet examen exploratoire comprenait une recherche, des critères d'inclusion et d'exclusion, ainsi qu'une extraction et une analyse des données. Ainsi, à l'exception de l'omission associée à une évaluation du risque de biais, l'examen ressemble davantage à une revue systématique qu'à un examen exploratoire.

• La période médiane d'incubation était de 4,8 jours (4,6 à 5,0), les 95e et 99e centiles de la répartition étant de 15,1 jours (IC à 95 %, 14,4 à 15,7) et de 22,9 jours (IC à 95 %, 21,7 à 24,3).

Dhouib (2021)^{Note de bas de page 8}

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
avril 2021

Cette revue systématique incluait une recherche effectuée de décembre 2019 au 1er décembre 2020. Quarante-deux études ont été incluses, soit 9 études de grande qualité, 19 études ayant une qualité modérée et 14 études de faible qualité. La méta-analyse comprenait 10 études sur la période médiane d'incubation.

Cette revue systématique comporte un protocole enregistré CRD42020196347, qui comprenait un risque de partialité et une évaluation SIGN de la certitude de la preuve.

Une méta-analyse des effets aléatoires a été effectuée.

• La période médiane d'incubation allait de 2 à 12 jours avec une limite inférieure de 2 jours et une limite supérieure de 14 jours (n = 17 études). La plage du 95e centile était de 10,3 à 16 jours et celle du 99e centile, de 24 jours.
• La période d'incubation médiane variait de 3,9 à 9,0 jours (n = 9 études). La période d'incubation totale a varié de 0 à 26 jours.
• La période médiane d'incubation combinée était de 6,2 jours (IC à 95 % 5,4 à 7,0, I2 = 77,1 %, p < 0,001, 10 études). À noter que les études provenaient de la Chine (8), de Singapour (1) et de l'Argentine (1). L'analyse des sous-groupes a révélé que l'hétérogénéité s'expliquait par la qualité de l'étude et la méthode de calcul.
• Une étude a indiqué que la période médiane d'incubation chez les enfants était de 8 jours (plage de 1 à 13 jours).

Xin (2021)^{Note de bas de page 9}

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
avril 2021

Cette revue systématique comprenait une recherche effectuée du 1er février 2020 au 25 septembre 2020. La méta-analyse comprenait 31 études faisant état d'une période d'incubation moyenne et 41 études faisant état d'une période médiane d'incubation.

La stratégie de recherche est présentée, les articles ont été évalués avec la liste de contrôle STROBE pour la qualité et une méta-analyse et une métaévaluation des effets aléatoires ont été effectuées.

• 62 études sur 72 utilisaient des données provenant de Chine. La médiane combinée des estimations ponctuelles de la période médiane d'incubation était de 6,3 jours (plage de 1,8 à 9,1 jours).
• L'estimation combinée des périodes d'incubation médianes avant le pic de l'épidémie en Chine (janvier 2020) était de 5,2 jours (9 études; IC à 95 %, 4,8 à 5,7; I2 = 56,5 %), ce qui est considérablement inférieur à l'estimation combinée indiquée dans les études effectuées après le pic (mars 2020) (18 études; 7,2 jours, IC à 95 %, 6,6 à 7,8; I2 = 89,5 %).
• La médiane combinée des estimations ponctuelles de la période médiane d'incubation était de 5,4 jours (plage de 2,0 à 17,6 jours). La valeur médiane est inférieure à la moyenne en raison de l'asymétrie vers la droite dans les données.
• Le 95e percentile de la période d'incubation était de 11,0 jours (5 études; IC à 95 %, 9,9 à 12,0; I2 = 0,0 %) avant le pic et de 14,6 jours (7 études; IC à 95 %, 13,7 à 15,5; I2 = 66,9 %) après le pic de l'éclosion en Chine.
• L'analyse des données sur la période d'incubation en Chine de janvier à mai 2020 suggère que lorsque les cas augmentaient de façon exponentielle, on tendait vers des estimations plus courtes.

Daley (2020) ^{Note de bas de page 16}
Prépublication

Revue systématique

S.O.
juil. 2020

La recherche présentée dans la revue systématique a été effectuée le 18 juillet 2020 et comprenait 21 études faisant état de la période d'incubation.

Il n'y avait ni protocole, ni brève description de la recherche, ni risque d'évaluation du biais et l'analyse statistique a été utilisée pour établir la moyenne.

• Dans l'ensemble des études, la moyenne de 5,9 jours et la médiane de 5,6 jours correspondaient.

Alene (2021)^{Note de bas de page 17}

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
mars 2021

Cette revue systématique a inclus des études publiées jusqu'au 30 juin 2020.

Des détails sont fournis sur la recherche, la sélection et l'extraction des données.

Le risque de biais a été évalué à l'aide de l'échelle Ottawa-Newcastle.

La méta-analyse des effets aléatoires comprenait 14 études portant sur la période médiane d'incubation.

• La période médiane d'incubation de la COVID-19 a varié de 4,8 à 9 jours.
• La période médiane d'incubation pondérée de la COVID-19 était de 6,5 jours (IC de 95 %, 5,9 à 7,1; I2 = 97 %, 14 études, 1 453 observations).
• 71,4 % des études ont été évaluées comme étant de bonne qualité.

Wei (2020)^{Note de bas de page 6}
Prépublication

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
avril 2020

La revue systématique a inclus des recherches effectuées jusqu'au 26 avril 2020.

56 études ont été incluses dans la méta-analyse (4 095 observations).

Les méthodes de recherche, de sélection et d'extraction des données, ainsi que d'évaluation de la qualité (AHRQ) des études sont décrites. Une méta-analyse des effets aléatoires a été effectuée. Une méta-analyse bayésienne a également été utilisée pour mieux simuler la distribution de la période d'incubation. La métarégression a été utilisée pour explorer l'hétérogénéité.

• La période médiane d'incubation est de 5,8 jours (IC à 95 % 5,3 à 6,2, I2 = 96,1 %, P < 0,0001) alors que la moyenne est de 6,9 jours.
• La période d'incubation était plus longue dans les cas asymptomatiques (médiane de 7,7 jours; IC à 95 % : 6,3 à 9,4, P = 0,0408) et chez les enfants (médiane de 7,3 jours; IC à 95 % : 6,2 à 8,6, P = 0,0219).
• Une relation linéaire entre l'âge et la période médiane d'incubation a été détectée, avec une augmentation de 16 % par tranche d'âge de 10 ans.
• On estime que 6,7 % (IC à 95 %, 2,4 à 11,2 %) et 1,4 % (IC à 95 %, 0,1 à 3,6 %) des personnes infectées ont eu des périodes d'incubation de 14 jours et de 21 jours, respectivement.
• Le 97,5e centile était de 18 jours d'incubation pour les cas symptomatiques, de 14 jours pour les cas asymptomatiques et de 25 jours pour les enfants.

McAloon (2020)^{Note de bas de page 18}

Revue rapide et méta-analyse

S.O.
avril 2020

L'examen rapide et la méta-analyse comprenaient une recherche effectuée le 8 avril 2020.

24 études ont été incluses dans la revue, dont 9 ont été analysées.

La recherche, les critères de sélection, les détails de l'extraction des données et l'évaluation de la qualité à l'aide de l'échelle Ottawa-Newcastle ont été décrits.

Une méta-analyse des effets aléatoires a été effectuée.

• La période moyenne d'incubation était de 5,8 jours (IC à 95 % 5,0 à 6,7) avec une certaine incertitude dans l'extrémité de la distribution.
• La période médiane d'incubation était de 5,1 jours (IC à 95 % 4,5 à 5,8 jours).
• Le 95e centile était de 11,7 jours (IC à 95 % 9,7 à 14,2) jours.

Quesada (2021)^{Note de bas de page 19}

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
mars 2020

Cette revue systématique a inclus une recherche effectuée jusqu'au 21 mars 2020. La méta-analyse comprenait 7 études.

Les méthodes de recherche, les stratégies de sélection et les méthodes de méta-analyse sont indiquées. Aucune évaluation de la qualité n'a été effectuée.

• La période moyenne d'incubation variait de 5,6 (IC à 95 % : 5,2 à 6,0) à 6,7 jours (IC à 95 % : 6,0 à 7,4) avec hétérogénéité élevée (I2 83,0 %, p < 0,001) selon le modèle statistique utilisé.
• Une métarégression des données du 95e centile, y compris l'âge moyen, explique l'hétérogénéité observée. Pour chaque augmentation de 10 ans dans l'âge, la période d'incubation a augmenté d'une journée. Le 95e centile selon l'âge moyen était de 10,5, de 11,5 et de 12,5 jours pour les gens de 40, de 50 et de 60 ans, respectivement.

Khalili (2020)^{Note de bas de page 20}

Revue systématique et méta-analyse

S.O.
mars 2020

Une revue systématique a été effectuée jusqu'au 11 mars 2020. Des 18 études qui ont été incluses dans la méta-analyse de la période d'incubation, seules 2 études provenaient de l'extérieur de la Chine.

Les méthodes de recherche, les stratégies de sélection et les méthodes de méta-analyse sont indiquées. Aucune évaluation de la qualité n'a été effectuée.

• La période moyenne d'incubation combinée était de 5,68 (IC de 99 % : 4,78 à 6,59) jours, I2 = 98,4 %.

Lauer (2020)^{Note de bas de page 21}

Méta-analyse

S.O.
janv. et févr. 2020

Analyse combinée comprenant 181 cas signalés entre le 4 janvier et le 24 février 2020 à l'extérieur de la province du Hubei.

L'analyse présentée dans ce document est une méta-analyse des données recueillies pour des patients individuels. Les données ont cependant été extraites de nombreuses sources différentes.

• La période médiane d'incubation était de 5,1 jours (IC à 95 % 4,5 à 5,8 jours).
• 97,5 % des cas symptomatiques ont développé des symptômes dans les 11,5 jours (IC à 95 % 8,2 à 15,6 jours).
• Les auteurs ont indiqué que ces estimations présument que, sur 10 000 cas, 101 développeraient des symptômes après 14 jours.

Lin (2020)^{Note de bas de page 22}

Revue systématique

S.O.
juin 2020

Recherche effectuée le 21 février 2020.

Huit modèles mathématiques ou statistiques ont été utilisés pour estimer la période d'incubation.

La stratégie de recherche, les critères de sélection et la façon d'extraire les données sont décrits. L'outil ISPOR-SMDM Modelling Good Research Practices Task Force a été utilisé pour évaluer les modèles. Les estimations sont résumées de manière descriptive.

• L'incubation médiane était de 5,90 jours (EI 4,78 à 6,25) dans 9 études.

Huang (2021) ^{Note de bas de page 23}
Prépublication

Cohorte rétrospective.

Chine
Non déclaré

787 cas provenant de l'extérieur de Wuhan, avec suffisamment d'informations sur l'exposition et l'apparition des symptômes, ont pu être identifiés à partir d'une base de données nationale sur les cas en Chine, en 2020.
Une méthode d'estimation des données à intervalle censuré a été utilisée pour étudier les données et les facteurs pouvant expliquer la variabilité dans la période d'incubation. La distribution gamma correspond le mieux aux données, ce qui veut dire qu'on peut y voir une répartition asymétrique vers la droite.

• La période moyenne d'incubation était de 7,8 (7,4 à 8,5) jours.
• Percentiles :
  • 50e (médiane), 7,0 (6,7 à 7,3) jours
  • 75e, 10,0 (9,7 à 10,4) jours
  • 97,5e, 17,9 (17,1 à 18,7) jours
• Les facteurs qui peuvent expliquer l'hétérogénéité dans les estimations de la période d'incubation ont été analysés et les résultats indiquent que des périodes d'incubation plus longues étaient associées aux femmes, aux personnes âgées et aux personnes atteintes d'une forme légère de maladie.

Paul (2021)^{Note de bas de page 10}

Modèle

Canada
nov. 2020

Le modèle susceptible-exposé-infectieux-retiré (modèle SEIR) de l'épidémie canadienne a été développé afin d'estimer la période d'incubation jusqu'en novembre 2020.

• Les estimations comprennent une période d'incubation moyenne de 6,74 jours (IC à 95 %, 6,35 à 7,13), une médiane de 6 jours et un 90e centile de 11,64 jours (IC à 95 %, 11,22 à 12,17), un 95e centile de 12 jours et un 99e centile de 13,5 jours.
• Le modèle prédit une pointe dans la période d'incubation à 6 jours et une deuxième plus petite à 10 jours.
• Il a également détecté une légère augmentation au fil du temps pendant la période d'incubation.