Rôle du Laboratoire national de microbiologie dans l’intervention contre la COVID-19

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• Aperçu
• Recherche
• Dépistage
• Modélisation et collecte de données

Aperçu

Le Laboratoire national de microbiologie (LNM) fournit un leadership scientifique essentiel à l'intervention canadienne contre la COVID-19.

Le LNM :

• appuie le dépistage diagnostique partout au Canada
• mène des recherches sur la COVID-19
• crée des modèles et gère la collecte de données pour contribuer à orienter la planification en santé publique et à prédire l'évolution de l'épidémie

Recherche

Les recherches du LNM ont pour but d'améliorer la santé publique, tant au Canada que dans le contexte d'initiatives sanitaires mondiales.

Le LNM mène plus d'une centaine d'études de recherche sur divers thèmes liés à la COVID-19. Certaines d'entre elles sont axées sur les sujets qui suivent.

• Vaccins : Mise au point et à l'essai de plusieurs types de vaccins.
• Traitements : Examen de traitements pour voir s'ils peuvent servir à traiter la COVID-19 et à réduire sa gravité (beaucoup d'entre eux sont déjà homologués pour d'autres applications cliniques).
• Génomique : Étude de l'empreinte génétique du virus pour mieux le comprendre et surveiller toute mutation.

Vaccin

Le LNM abrite les seuls laboratoires de niveau de confinement 4 en santé humaine au Canada. Ces laboratoires de pointe sont essentiels pour la mise au point de vaccins qui protègent contre des maladies infectieuses comme la maladie à virus Ebola ou la COVID-19.

Le LNM dispose d'une capacité unique de mener des recherches précliniques au moyen de modèles animaux pour veiller à ce que les candidats-vaccins soient :

• de grande qualité
• sûrs
• efficaces

Le personnel du LNM explore diverses méthodes de mise au point d'un vaccin contre la COVID-19, y compris :

• faire des recherches en vue de mettre au point des vaccins à l'interne
• aider des collaborateurs externes à évaluer les vaccins mis au point par les universitaires et l'industrie

Les vaccins peuvent être regroupés en cinq catégories principales, soit ceux contenant :

1. un virus vivant répliquant qui ordinairement n'infecte pas les humains pour qu'il agisse comme mode d'administration du vaccin
   • cette méthode a été utilisée pour créer le vaccin contre le virus Ebola
2. un virus incapable de réplication qui entraîne une infection bénigne chez les humains, mais qui a fait l'objet de manipulations pour éviter qu'il ne cause une maladie
   • cette méthode a été utilisée pour créer le vaccin contre la variole
3. des doses progressives de virus vivant. Cette méthode consiste à administrer une série de petites quantités croissantes de virus SRAS-CoV-2 vivant pour stimuler une réaction immunitaire sans causer de maladie
4. des acides nucléiques (p. ex. vaccin à ADN) contenant les codes génétiques de certaines protéines (antigènes) des virus afin de déclencher une réaction immunitaire
5. des protéines. Cette méthode consiste à utiliser des protéines de virus purifiées comme vaccin
   • différentes technologies peuvent être utilisées pour créer ces types de vaccins, ce qui permettrait une production et une distribution à grande échelle

Recherche sur la durée de vie du coronavirus responsable de la COVID-19 sur les surfaces

Des scientifiques du LNM ont étudié la durée de vie du coronavirus responsable de la COVID-19 sur les surfaces et les matériaux de l'équipement de protection individuelle (EPI) dans les milieux de soins.

Ils ont conclu que sa durée de vie varie selon la surface et le matériau. Elle varie de moins de 24 heures sur du tissu fait de coton à 100 % à 21 jours pour ce qui est de la détection de traces de virus vivant sur du plastique.

Ces recherches ont permis d'obtenir des données probantes à l'appui de mesures de prévention des infections et de lutte contre les infections, dont :

• lavage fréquent des mains avec de l'eau et du savon pendant au moins 20 secondes
• utilisation d'un désinfectant pour les mains à base d'alcool en l'absence d'eau et de savon
• renforcement de la nécessité du respect rigoureux des pratiques exemplaires relatives à la manipulation de l'EPI
• nettoyage et désinfection des surfaces et de l'équipement réutilisable
• utilisation de tissus offrant la meilleure protection pour la confection de masques non médicaux

Recherche sur l'infectiosité de la COVID-19

Des scientifiques du LNM ont mené des recherches pour déterminer pendant combien de jours suivant l'infection les patients peuvent transmettre le virus à d'autres.

Ces connaissances contribuent à protéger la santé de la population canadienne.

Consultez le billet de blogue sur l'infectiosité de la COVID-19 et sur sa propagation.

Dépistage

Un dépistage exact et en temps opportun est essentiel à l'intervention sanitaire contre la pandémie. Il permet la détection précoce des cas, ce qui facilite la maîtrise de toute propagation future. Le LNM travaille avec les laboratoires de santé publique des provinces et des territoires pour garantir que les tests diagnostiques sont de grande qualité et conformes aux normes d'excellence des laboratoires.

Des scientifiques du LNM ont contribué à la mise au point et à la vérification des tests de dépistage de la COVID-19 en laboratoire utilisés au Canada.

Voici les priorités du LNM :

• obtention de matériel d'analyse (p. ex. réactifs, qui sont les substances chimiques utilisées pour le traitement des échantillons)
• comparaison des analyses rapides hors laboratoire à l'étalon de référence
• achat de trousses d'analyse autorisées de façon à ce que les provinces et les territoires puissent accroître le dépistage

Pour satisfaire à ces priorités, il :

• a mis au point à l'interne des réactifs puisque les réactifs commerciaux sont difficiles à obtenir et offerts en quantités limitées à l'échelle mondiale
• étudie le niveau de précision et le rendement du matériel et des tests diagnostiques
• achète le matériel de laboratoire en masse
• fournit des services de référence

Premiers jours de l'épidémie de COVID-19

Dans les premiers temps de l'épidémie de COVID-19, le LNM effectuait des tests de suivi pour tous les cas présumés afin de confirmer les résultats d'analyse.

Le LNM a confirmé le premier cas de COVID-19 au Canada le 27 janvier 2020.

Le personnel du LNM a procédé au séquençage génétique des premiers échantillons pour confirmer que ces premiers cas étaient bien des cas de COVID-19.

En collaboration avec les laboratoires provinciaux et territoriaux, le LNM a validé et simplifié l'approche de dépistage du Canada de façon à ce que les laboratoires des provinces et des territoires puissent confirmer les résultats sans analyse supplémentaire du LNM.

Dépistage des Canadiens rapatriés

Le LNM a envoyé un camion-laboratoire mobile et une équipe de professionnels de laboratoire en Ontario pour le dépistage des Canadiens symptomatiques de retour de :

• la province chinoise du Hubei
• deux navires de croisière

Le camion-laboratoire mobile est doté d'équipement spécialisé permettant de réaliser sur place des analyses de dépistage rapide en laboratoire de maladies infectieuses comme la COVID-19. Les résultats sont prêts en quelques heures seulement.

Ce délai d'exécution rapide est essentiel pour détecter les cas et offrir des traitements.

Le camion-laboratoire mobile peut être rapidement déployé n'importe où au Canada et dans le monde. Il correspond à un laboratoire de niveau de confinement 3.

Services de référence

Le LNM offre des services de laboratoire de référence relatifs à la COVID-19 à l'ensemble des provinces et des territoires. Ces services de référence offrent aux laboratoires de partout au Canada une gamme de services, notamment :

• des tests de confirmation
• des services d'assurance de la qualité
• l'analyse en profondeur d'échantillons difficiles à diagnostiquer

Dépistage sérologique

Les tests sérologiques sont des analyses sanguines qui détectent la présence d'anticorps produits par le système immunitaire en présence d'une infection.

Le LNM travaille à mettre au point et à évaluer des tests sérologiques pour détecter les personnes qui pourraient avoir été exposées au SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19.

En plus des tests sérologiques de première ligne, le LNM met au point un test spécialisé pour la détection d'anticorps neutralisants. Les anticorps neutralisants peuvent inactiver de façon directe des particules virales, ce qui signifie qu'ils peuvent habituellement prévenir l'infection.

La mise au point d'un test de laboratoire pour détecter des anticorps neutralisants sensibles et spécifiques est un défi, mais les scientifiques de LNM sont des experts de la création et de la réalisation de ce type de tests.

Grâce à ces tests, il sera possible d'obtenir de l'information importante sur :

• une immunité possible
• une protection à long terme contre la réinfection par le coronavirus

Ces tests joueront un rôle clé dans l'évaluation de possibles vaccins en permettant de déterminer leur efficacité avant le lancement d'essais cliniques.

Les anticorps neutralisants peuvent aussi être utilisés pour le traitement de la COVID-19. Connus sous le nom de « traitements au plasma de convalescent », ils sont couramment utilisés contre d'autres maladies infectieuses, dont la rage.

Le LNM a aussi créé des programmes d'assurance de la qualité pour le dépistage sérologique de la COVID-19. Ces programmes assurent l'exactitude des tests sérologiques.

Dépistage hors laboratoire

En collaboration avec ses partenaires, le LNM déploie partout au Canada des appareils d'analyse hors laboratoire.

Le dépistage hors laboratoire permet de remédier aux lacunes dans les collectivités mal servies, où l'accès aux analyses en laboratoire est limité. Ce type de dépistage est particulièrement important pour les communautés nordiques, éloignées et isolées. Puisque les échantillons n'ont pas à être envoyés à un laboratoire pour y être analysés, il est possible d'obtenir les résultats plus rapidement.

L'obtention rapide des résultats contribue à réduire la propagation de la maladie parce qu'elle permet de commencer plus vite :

• la recherche des contacts
• l'isolement des patients infectés (dépistage positif)

Le LNM offre des séances de formation pratique aux professionnels de la santé qui utilisent les appareils d'analyse hors laboratoire. Il offre aussi en continu du soutien et des conseils techniques, dont un robuste programme d'assurance de la qualité qui permet de confirmer le maintien de la fiabilité des appareils.

Le LNM explore des façons d'augmenter la capacité de ces appareils au moyen d'approches novatrices, comme le regroupement des échantillons.

Collaboration avec les provinces et les territoires

Les laboratoires de santé publique canadiens travaillent ensemble au moyen du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada. Le LNM dirige ce réseau à l'appui :

• d'une coordination du dépistage de la COVID-19 en laboratoire
• de l'échange d'information
• de l'achat en masse d'équipement et de matériel

Collaboration avec Santé Canada

Nous procéderons à une évaluation scientifique indépendante en laboratoire de certains appareils de test COVID-19 à la demande de Santé Canada.

Modélisation et collecte de données

Collecte de données sur la COVID-19

Les provinces et les territoires transmettent les résultats de leurs analyses en laboratoire relatives à la COVID-19 à l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) aux fins de suivi national. Le LNM gère le Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP), une plateforme de biosurveillance et d'informatique scientifique en santé publique.

Le RCRSP offre un environnement Web sécurisé et centralisé pour l'échange de résultats d'analyses et inclut l'analyse visuelle en temps réel.

Modélisation relative à la COVID-19

L'ASPC a créé un réseau canadien de modélisation de la COVID-19. Ce réseau est constitué de modélisateurs et d'épidémiologistes provenant de tous les ordres de gouvernement et des universités. Ce réseau soutient les efforts du Canada pour la modélisation et la formulation de prédictions par rapport à l'épidémie de COVID-19.

Des scientifiques du LNM, en compagnie d'autres experts de l'ASPC, dirigent ce réseau en vue de la création de modèles mathématiques et d'autres analyses des données pour :

• étudier les modes de propagation de la COVID-19
• prévoir l'évolution future de l'épidémie
• contribuer à la planification en santé publique et à la lutte contre les maladies infectieuses