Le projet Écobiomique : initiative de recherche et de développement en génomique

Comment le Canada utilise les technologies génomiques pour étudier la biodiversité microbienne dans les sols et les écosystèmes aquatiques.

Définition de la biodiversité

La biodiversité représente la variété de la vie sur Terre. La biodiversité comprend les espèces de grande taille, comme les lions, et les plus petites, que l’on nomme microbes. La biodiversité microbienne du sol et de l’eau permet de garantir les services écosystémiques à l’appui de l’économie du Canada. Les services écosystémiques permettent de fournir de l’eau propre et de conserver des cultures saines et des forêts robustes. 

Le projet Écobiomique

Le projet de biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique) s’inscrit dans le cadre de l’Initiative de recherche et de développement en génomique. Ce projet est actif depuis 2016 et prendra fin en 2022. Il s’agit d’une collaboration entre 7 gouvernements et organismes fédéraux.

Les perturbations associées à l’utilisation des terres ont des répercussions négatives sur la biodiversité microbienne des sols et des écosystèmes aquatiques. Les outils génomiques sont aujourd’hui considérés comme le meilleur moyen d’examiner ces systèmes complexes. Le projet Écobiomique utilise des outils avancés pour caractériser la biodiversité microbienne dans les sols et dans l’eau. Cela permet de mieux comprendre quels types de microbes sont présents et la manière dont ils interagissent avec leur environnement. Ces découvertes permettront d’améliorer l’évaluation, la surveillance et l’assainissement de l’environnement au Canada.

Le projet Écobiomique a trois objectifs principaux visant à améliorer la qualité de l’eau et la santé des sols au Canada :

• mettre au point des méthodes normalisées pour la collecte et l’analyse de données, telles que la collecte d’échantillons de sol et d’eau, l’extraction de l’ADN, le séquençage de nouvelle génération, les pipelines d’analyse bio-informatique;
• établir de nouveaux observatoires génomiques au Canada et recueillir des données de référence permettant de faire une évaluation des changements futurs dans la biodiversité des sols ou des milieux aquatiques;
• en apprendre davantage sur la biodiversité des écosystèmes aquatiques et du sol en étudiant les communautés de microbes aquatiques, de microbes du sol et d’invertébrés.

Sites du projet

Le projet Écobiomique collecte des données provenant de divers sites répartis dans cinq provinces du Canada :

• Alberta – rivières, bassins versants, forêts;
• Ontario – rivières, lacs, bassins versants, forêts, terres agricoles;
• Québec – rivières, lacs, bassins versants, forêts;
• Nouveau-Brunswick – rivières, bassins versants;
• Île-du-Prince-Édouard – rivières, bassins versants.

Chaque province dispose de divers paysages, tels que des forêts boréales, des milieux riverains, des terres agricoles et les lacs transfrontaliers.

Nos exemples de réussite

• La bio-informatique : une collaboration unique crée une capacité scientifique hors du commun
• Les petites choses comptent : la génomique nous en apprend davantage sur la microflore du sol
• La vase verte : des chercheurs en génomique s’attaquent au fléau estival
• La génomique : plus forte que les macro-invertébrés benthiques
• Brosser un tableau complet de la biodiversité par la génomique

Liens connexes

• The EcoBiomics Project: Advancing Metagenomics Assessment of Soil Health and Freshwater Quality in Canada
• Understanding agricultural soil microbiomes
• Soil microbiomes: Tracking changes below ground
• Healthy soil, healthy farms
• Réseau canadien de biosurveillance aquatique
• Institut canadien des politiques agroalimentaires
• Earth Microbiome Project
• Global Omics Observatory Network
• Génome Canada

Pour nous joindre

Donald Baird, co-responsable du projet : Donald.Baird@ec.gc.ca

James Macklin, co-responsable du projet : James.Macklin@agr.gc.ca